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本帖最后由 worrie。 于 2026-6-24 13:21 编辑
文件.zip
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各位老师，我在计算这个反应的时候遇到的问题，恳请帮忙看一下问题
我是采用了gromacs跑动力学稳定的最后构像来做了一下结构优化，关键词是
%nprocshared=24
%mem=24GB
%chk=fuheti2.chk
#p opt freq b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) em=gd3bj
reactant complex
-1 1
正常结束，然后通过增大C-S键和a-β碳距离来作为ts的构象，来找ts，关键词为
%nprocshared=32
%mem=32GB
%chk=TS1_refine.chk
#p B3LYP/6-311+G(d,p) SCRF=(SMD,Solvent=Water) Opt=(TS,CalcFC,MaxCycles=200) Freq SCF=(XQC,MaxCycle=512) Int=UltraFine NoSymm
Refinement of TS1
-1 1
正常结束，这是虚频结果
ts结果图，C-S键距离为2.61694，振动方向为C-S键成键断键方向，有视频
振动方向.mp4
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然后做irc，关键词为
%nprocshared=32
%mem=32GB
%chk=TS1_refine_IRC.chk
#p B3LYP/6-311+G(d,p) SCRF=(SMD,Solvent=Water)IRC=(CalcFC,ReCalc=3,MaxPoints=200,StepSize=10,MaxCycle=50) SCF=(XQC,MaxCycle=512) Int=UltraFine NoSymm
IRC both directions from optimized TS1 geometry
-1 1
正常结束，反应物端只算了一个点，结果为
，产物端是C-S键逐渐减少的方向，两端分别结构优化，关键词为
%nprocshared=32
%mem=32GB
%chk=TS1_refine_fanyinwu.chk
#p B3LYP/6-311+G(d,p) SCRF=(SMD,Solvent=Water) Opt Freq SCF=(XQC,MaxCycle=512) Int=UltraFine NoSymm
IRC both directions from optimized TS1 geometry
-1 1
产物端优化了33步，结果为
反应物端优化了150步结果为
，这样能否说明ts的准确性？，
在算能垒的时候，re、ts、pr各自的单点能，关键词是
%nprocshared=32
%mem=32GB
%chk=TS1_refine_TSdandian 2.chk
#p B3LYP/6-311+G(d,p) EmpiricalDispersion=GD3BJ SCRF=(SMD,Solvent=Water) SP SCF=(XQC,MaxCycle=512) Int=UltraFine NoSymm
Refinement of TS1 for thiolate attack on HSYA beta carbon
-1 1，反应物分在一起和分来单独优化两种情况，我的最终自由能公式为单点能+自由能校正值，最终结果是这样的
，产物能量大于反应物，会不会是烯醇负离子导致能量较高？，考虑到体系柔性较大，用shermo，结果为
Label E_SP_Hartree G_Shermo_Hartree Relative_kcal_molRe_total -2974.210906446 -2973.6340926 0
TS -2974.2166016 -2973.6177796 10.2366
P -2974.23010277 -2973.6290259 3.1794
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发表于 Post on 3 hour ago
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