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[GROMACS] 石墨烯吸附有机小分子md结束后压力为负两万bar这在石墨烯体系里面是正常现象吗?

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石墨烯在水体中吸附有机小分子,经过10ns的md后查看压力为-20000bar,查看了xx yy分压和zz方向分压,发现zz方向上压力-9bar   xx yy方向上好负几千bar这正常吗? 经过md后石墨烯片出现了轻微褶皱,不知是否是是因为石墨烯水平结构的原因导致水平方向的压力不能被平衡掉,我看有的说压力正常值要参考1bar,不知是否是mdp参数设置问题,还是石墨烯体系正常现象,哪位大神可以给解答一下,这个问题困惑了好久了。感谢各位老师!!!



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发表于 Post on yesterday 19:17 | 只看该作者 Only view this author
1. 关于石墨烯资讯不足,是否周期性分子? 上下方PBC还是wall?盒子怎么放的?
2. 具体是用什么算的,压力图长怎样?
3. 用什么压浴?怎样控压(semiisotropic?)
4. 如果怀疑mdp有问题最好提供,不然只能盲猜?
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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