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[GROMACS] gromacs固体NPT产生真空层求助

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本帖最后由 Lmb 于 2026-6-25 14:57 编辑

各位老师好,目前在跑的体系是固体,NPT结束后分子发生聚集,请问各位老师产生这个问题的原因是什么?应该怎么解决呢?图片是最后一帧以及盒子的X Y Z。

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发表于 Post on yesterday 13:23 | 只看该作者 Only view this author
要正确拼写gromacs

第一张图莫名其妙,图例里有三个内容,但只有一条曲线、纵坐标只标了X轴

直接把初始结构图给出来。完全看不出你在试图模拟固体。倘若初始结构就是个巨大盒子里随便松散地插入一些分子,显然会由于分子间相互作用而聚集,这模拟的根本不是固体,而是气相分子团簇。
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 15:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lmb 于 2026-6-25 15:12 编辑
sobereva 发表于 2026-6-25 13:23
要正确拼写gromacs

第一张图莫名其妙,图例里有三个内容,但只有一条曲线、纵坐标只标了X轴

好的 已修改。盒子的XYZ数值是一致的。重做了3D图方便观看。以及初始结构图,初始盒子边长是5nm,模拟结束的平均长度为4.578nm。望老师指点

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