共价对接后的复合物如何使用amber的MM-GBSA计算结合自由能

fuchg

老师们好，我现在在做蛋白-小分子共价对接后生成复合物的分子动力学模拟，是将小分子与其连接的CYS按照非标准氨基酸残基进行处理，在完成动力学模拟后，我想使用MM-GBSA方法对这一体系进行结合自由能的计算，但是由于本身是将小分子与其连接的CYS按照一个整体来处理的，这就导致他没办法想其他非共价连接的小分子那样有明确的复合物、受体、配体的拓扑文件，我看有方法是将小分子与其连接的CYS当做配体，从复合物中切割出来，所以我也按照这个思路进行操作，现在配体就变为小分子+CYS，受体变为切割后的其他氨基酸，下面是我计算的结果：

Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
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BOND                         0.7325                0.7249              0.0072
ANGLE                        2.3240                1.1873              0.0119
DIHED                       16.7632                1.5251              0.0153
VDWAALS                    -53.5241                3.8758              0.0388
EEL                       -141.0535                4.4309              0.0443
1-4 VDW                      1.9263                0.5893              0.0059
1-4 EEL                    120.3867                2.9379              0.0294
EGB                         38.5234                3.1512              0.0315
ESURF                       -6.5544                0.3542              0.0035

DELTA G gas                -52.4449                5.2163              0.0522
DELTA G solv                31.9691                3.0468              0.0305

DELTA TOTAL                -20.4758                4.1007              0.0410


可以发现由于将小分子+CYS从复合物中切割出来作为配体，导致出现了bond，angle，dihed，1-4 VDW和1-4 EEL这些项，所以想请教各位老师：
1. 这种把小分子+CYS从复合物中切割出来作为配体从而完成结合自由能计算的方法是否可取或者是正确的呢？
2. 如果这种方法不正确的话，那有什么方法来实现共价复合物的结合自由能计算呢？
3. 如果这种方法是正确的话，bond，angle，dihed，1-4 VDW和1-4 EEL这些项是否应该纳入考虑，例如将VDWAALS和1-4 VDW的数值加在一起来考虑整个体系的范德华相互作用的贡献呢？

student0618

不可以用普通分子力场MMPBSA，普通分子力场无法描述成键断键。
其实搜搜Amber mailing list开发者都说了。