请教amber动力学模拟Small box detected报错

王涛

参数设置为
Step 5: production NPT 5 ns (no restraints)                                    
&cntrl                                                                        
imin=0, irest=1, ntx=5,                                                      
nstlim=2500000, dt=0.002,                                                     
ntb=2, ntp=1, pres0=1.0, taup=2.0,                                            
ntc=2, ntf=2, cut=10.0,                                                      
temp0=300.0, ntt=3, gamma_ln=2.0,                                             
ntpr=5000, ntwx=2000, ntwr=50000,                                             
ioutfm=1, iwrap=1, nscm=1000,                                                
/                                 
报错信息为：
gpu_neighbor_list_setup :: Small box detected, with <= 2 cells in one or more
                           dimensions.  The current GPU code has been deemed
                           unsafe for these situations.  Please alter the
                           cutoff to increase the number of hash cells, make
                           use of the CPU code, or (if absolutely necessary)
                           run pmemd.cuda with the -AllowSmallBox flag.  This
                           behavior will be corrected in a forthcoming patch.
这个报错需要需要理会吗？还是bug直接使用-AllowSmallBox就可以呢？
PS：还有Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL，这是正常的吗？

Serious

1) 现在盒子太小了。tleap加水时把盒子加大。
2) IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL不是异常。能正常运行结束，检查一下output的温度、能量、密度等量，模拟平衡就没什么问题。