求助：分子模拟重复性问题

陈欣羽

我的体系主要聚焦模拟过程长链聚合物的变化，用的是GROAMCS来进行分子动力学模拟,不同条件下的模拟结束后发现作图趋势没有规律，并且和实验室实验结果也对应不上。结合从帖子搜索到的，
我们是不是应该这样处理这个问题：
1、一般从nvt平衡模拟开始就会产生初速度，所以需要从nvt平衡开始全部重新模拟3次
2、组合各种模拟结果，直到找到自己想要的趋势或者和实验一致的趋势

student0618

Cherry pick是不恰当的，严格可以说是学术不端。

应当先了解自己的体系、研究方法等，以及所用方法/参数能否正确描述目标体系。

当前楼主给的资讯不足以排查原因，建议提供更具体的模拟流程、力场参数、模拟目的、分析方法、体系内容，等等。

陈欣羽

student0618 发表于 2026-6-25 21:25
Cherry pick是不恰当的，严格可以说是学术不端。

应当先了解自己的体系、研究方法等，以及所用方法/参数 ...

很感谢您的建议，我认真投入了学习分子动力学模拟大半年的时间，在做自己体系模拟的过程中，从模型构建，力场选择到模拟参数选择，都是亲自一步一步有理有据的选择和做出来的，我自认为是没有问题的，但是模拟的结果还是让我觉得和心里想的差距很大，加上到了学业比较紧张的地步，有点不知所措。我确实应该再好好检查一下自己的体系及模拟过程是否正确，再进行重复实验。

student0618

陈欣羽 发表于 2026-6-25 21:46
很感谢您的建议，我认真投入了学习分子动力学模拟大半年的时间，在做自己体系模拟的过程中，从模型构建， ...

就算是用标准的力场和模拟方法，本来都有限制。就算是同一体系，目标A可以很好，但目标B结果不行。

所以才有各种优化，如针对某体系来复现某条件的力场，e.g. opc是很好的水模型但要模拟结冰应当用tip4p-ice。

如果能问出更具体的问题、说出实际目的及所用方法 (担心保密的，可以隐去体系名或加权限)，可以增加在这里得到解决方法的机会。聚合物很多种，模拟范围很广，目的可以很多，分析方法也很多。模拟流程、建模方法、gmx 跑多久、分析什么、mdp怎样力场用什么等。 什么也不提供很难排查的。