请问现在用mmpbsa分析结果后显示的是ΔGtotal吗

lkd · 发表于 Post on 2026-6-26 10:09:20

大佬们好，请问现在用mmpbsa分析结果后显示的是ΔGtotal吗，我看教程显示的是ΔGbinding（https://ambermd.org/tutorials/ad ... script/section2.php），

dodobird1 · 发表于 Post on 2026-6-26 10:47:16

本帖最后由 dodobird1 于 2026-6-26 10:48 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
发帖时务必注意恰当填写标题，要不然点进来也不知道是什么问题，怎么解答。其他论坛用户都是人类，又不是随便给关键词的ai，请对后面回答问题和检索的人有些尊重。

lkd · 发表于 Post on 2026-6-26 11:06:16

dodobird1 发表于 2026-6-26 10:47
http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
发帖时务必注意恰当填写标题，要不然点进来也不知道是什么 ...

所以大佬知道这个吗

dodobird1 · 发表于 Post on 2026-6-26 15:11:14

lkd 发表于 2026-6-26 11:06
所以大佬知道这个吗

我只在一段时间之前简单用过gmx_MMPBSA，不算经验很丰富，如果我没有记错（虽然很有可能），这两个里面文件里面靠前面的是没有增加某一个能量项，后面那个是增加了。对于我的应用场景，组里的师兄告诉我使用前者会更稳定合适，虽然也是小分子药物对接但是只能说具体问题来看吧。或许可以参考之前的文献，如果有哪篇比较详细的讲到了细节的话
如果想要系统了解gromacs的话可以考虑sob老师的培训，我个人是没上过gmx但是上过初级量化和cp2k，确实是真心推荐，我觉得这样子比较直接使用的问题（虽然我也记不清

）应该都可以得到解答

sobereva · 发表于 Post on 2026-6-26 21:05:13

lkd 发表于 2026-6-26 11:06
所以大佬知道这个吗

求助时注意措辞和礼仪，好好看下文，尤其是第二节
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79（http://bbs.keinsci.com/thread-57-1-1.html）

“所以” 完全不该出现在这个场合，完全没有逻辑

sobereva · 发表于 Post on 2026-6-26 21:09:23

DELTA G binding和ΔGtotal完全是一码事，结合上下文便知

lkd · 发表于 Post on 2026-6-26 22:15:24

sobereva 发表于 2026-6-26 21:09
DELTA G binding和ΔGtotal完全是一码事，结合上下文便知

感谢大佬，以后会注意求助的礼仪

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[Amber] 请问现在用mmpbsa分析结果后显示的是ΔGtotal吗