簇模型计算酶催化底物水解机制的opt和TS结构问题

xiaoche

各位前辈好。我有个问题想请教一下。
我在用簇模型计算蛋白酶催化底物的机制，起始结构中底物由羰基氧、酰胺氮原子和羧基氧原子分别与酶活性中心的2个Zn2+配位。用的理论方法是B3LYP-D3，基组是6-311g(d,p) ，对Zn用SDD赝势基组。用了隐式溶剂（水）模型，共288个原子。用gaussian16做完opt任务后，freq无虚频，但是底物与锌的距离变大，按经验判断已经没有配位情况了。我使用opt后的结构，初猜TS构象进一步做TS时，全部退回opt结构。
我主要有以下问题：
（1）opt后得到的结构中，为什么底物与双锌离子的距离变大以至配位作用减弱甚至消失？是因为用了隐式溶剂+簇模型截断，对底物的真实环境模拟不足吗？
（2）TS退回opt结构，是否是opt的结构不是真实的ES构象的原因？
（3）我是否可以在opt时，对Zn与配位原子间的距离添加约束，来保持合理的几何参数？这样做是否合理？
（4）用的理论方法和基组是否可以降低一个标准，比如用B3LYP-D3，6-31g(d,p)，或者def2-SVP基组？300个原子目前算起来有些费时间。我的体系中，主要考虑的是底物与蛋白间的金属配位及弱相互作用（如氢键、Pi-Pi、疏水）。
（5）是否有必要用QM/MM？

另外，对于我的ES优化，起始构象是基于晶体结构的MD模拟聚类结构。在选定的理论方法和基组下首次进行opt时，出现多次振荡或者其它报错。我每次都是选取该次opt的能量最小的一帧结构，然后调整或者不调整参数，重新提交作业，最后经过5-6次后，opt收敛且freq无虚频。随帖子附上我的opt输出文件（文件太大上传的百度网盘：optfreq.out
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