求助模拟气体分子穿透晶体薄膜过程中是否需要对晶体原子位置设置限制

cheng1

我想使用Gromacs模拟气体分子穿透团簇晶体薄膜，构建了如图所示体系，在NVT系综下进行了分子动力学计算（NPT系综会崩溃），其中团簇晶体中的16个重原子Au被固定。顶部和底部各使用惰性原子Ar（组名为WAL）并在模拟中冻结，以防止气体分子从盒子边界处跑出到真空区。
在模拟过程中存在如下问题：
1.气体无法穿透晶体，是不是应当取消团簇晶体中重原子的位置限制？（PS：一开始全部原子均未固定，但是在运行过程中晶体结构中的8个团簇分子排列一边发生错位一边向真空区一侧运动，导致真空区消失，因此给团簇中的Au原子施加了位置限制）

2.体系运行了100000000 步， 200ns，能否说明气体分子难以穿透晶体薄膜？

3.是不是我的晶体体系过厚，需要减少一层晶体原子吗？

以下是相关文件，恳请老师指教

sobereva

平行于界面的盒子尺寸太小，至少扩成2*2。气体分子没必要那么多，而且当前看起来都不是气体状态，密度也太大了。

不要加位置限制，否则气体分子穿过时晶体部分都没法自发充分调节结构来让道。

先确保晶体部分能模拟成功、结构能维持好，从而确保力场、拓扑文件、结构都没问题，之后再说模拟穿膜的事

气体分子尺寸大、膜的孔洞不大的情况下，很有限的模拟时间内就是难以观察到穿过去。如果只是对于穿膜的过程感兴趣，可以考虑提高温度或者给气体部分加压的做法促使穿膜过程的发生

至于晶体体系是否过厚，先看是否能穿过表层，如果表层都没穿过，弄薄也没意义。