求助：使用Hdock进行分子对接后,对接结果与预期结合结构域全都不符

lemondreamer · 发表于 Post on 2026-6-26 13:44:15

我使用HDOCK将Lwacas13a蛋白与crRNA-targetDNA核酸复合链对接。理论上核酸链会结合在Lwacas13a蛋白种的特定结构域之中，但是我将DNA与crRNA对接为复合物，但与蛋白对接后，核酸包裹在外测（白色背景图）。PDB数据库里面有核酸结合在结构域之中的结构（黑色背景图）。这是不是说明我对接失败了？我需要换其他的对接方法吗？

student0618 · 发表于 Post on 2026-6-26 21:25:00

试用其他工具如 AlphaFold 3、LightDock，或者可以指定相互作用interface的工具如HADDOCK

xiaoche · 发表于 Post on 2026-6-26 21:32:58

HDOCK应该可以指定结合区域吧

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[分子对接] 求助：使用Hdock进行分子对接后,对接结果与预期结合结构域全都不符