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[分子对接] 求助:使用Hdock进行分子对接后,对接结果与预期结合结构域全都不符

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我使用HDOCK将Lwacas13a蛋白与crRNA-targetDNA核酸复合链对接。理论上核酸链会结合在Lwacas13a蛋白种的特定结构域之中,但是我将DNA与crRNA对接为复合物,但与蛋白对接后,核酸包裹在外测(白色背景图)。PDB数据库里面有核酸结合在结构域之中的结构(黑色背景图)。这是不是说明我对接失败了?我需要换其他的对接方法吗?

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