请教multiwfn计算短肽-铵根resp2电荷用于amber动力学模拟

王涛

本人的体系为短肽-铵根，目的是进行动力学模拟
在计算配体得到 RESP 或 RESP2 电荷信息，并用于生成 gaff2 力场参数，我参考的是以下的笔记
(12 封私信) Amber 分子动力学模拟 学习笔记 - 知乎
笔记里的做法是使用 Gaussian 16 与 pyCADD 计算，得到了mol2文件
再使用parmchk2 -i 9CR_resp.mol2 -f mol2 -o 9CR.frcmod生成了参数文件
但是我觉得可能用multiwfn计算resp2更好一些，但是有一些困惑
1.我的配体是阳离子，sob老师在帖子里面说“几何优化使用B3LYP-D3(BJ)搭配6-311G**（或更好一点点的def-TZVP），优化时在真空下即可，但如果是带电体系或局部带显著电荷的体系则应当在溶剂模型表现实际溶剂环境下进行优化。之后产生用于计算q_gas和q_solv的波函数文件时的单点任务使用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP，如果是阴离子则基组改为ma-TZVP。”
（RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元）
阳离子是否使用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP即可？
2.笔记中的做法会得到mol2文件，我去查看了RESP2的计算方法，似乎并不会得到mol2文件，而是得到RESP2(0.5)电荷数据
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元
请问得到数据后要如何用它生成参数文件呢？

sobereva

1 可

2 我拒绝评论别人写的笔记，也很不想看到*乎的链接出现在本论坛上
GaussView打开结构文件就可以保存成mol2，或者用openbabel转换成mol2亦可。若要把原子电荷写入mol2文件，参考下文的格式介绍，自己用文本编辑器的列模式把Multiwfn算的原子电荷从chg文件里拷过去就完了
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）