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[Sobtop] 请问:sobtop无法识别原子类型

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大家好,我想通过例9的方式产生TON分子筛的拓扑文件,使用ClayFF力场中的参数,assign_AT.dat、LJ_param.dat和bonded_param.dat分别做了如下修改。

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但是使用sobtop产生拓扑文件时,有些Si、O原子不能被识别,例如硅氧双键结构中的Si,只成一个键的O,如下图所示,请问大家这是什么问题?谢谢大家。



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发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
教程是针对周期性的体系。。你这个是周期性的体系吗?
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2026-6-28 20:26
教程是针对周期性的体系。。你这个是周期性的体系吗?

分子筛是周期性体系吧

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发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
先认真看sobtop主页上的例子和相关说明,弄清楚sobtop对周期性体系是怎么判断连接关系的
要么pdb文件里有CRYST1字段,要么mol2文件里直接体现连接关系
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