请教AMBER封端操作

王涛 · 发表于 Post on 2026-6-29 00:09:15

本帖最后由王涛于 2026-6-29 19:51 编辑

我的多肽结构是由AF3预测得到的，后面想用于AMBER动力学模拟。现在想对这个结构进行封端（N端乙酰基 ACE，C端甲氨基 NME），我现在有这个pdb文件，请问amber里面有命令可以进行封端吗？或者应该如何操作呢？看网上都是拿pymol进行的封端，我是想找个可以批量处理的办法，比如用基于命令行的方法
ps：看到有人用以下命令封端，不知道对不对
tleap
source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.water.tip3p
protein = loadpdb "your_protein.pdb"
addions protein ACE
addions protein NME
savepdb protein "protein_with_termini.pdb"
quit

新消息：我已用 Python 脚本在原 PDB 中添加了 ACE 的 C 原子（位于第一个残基前）和 NME 的 N 原子（位于最后一个残基后），坐标采用 CA-CA 外推法估算。生成的 capped_final.pdb 文件看起来格式标准（见下方示例），但 tleap 始终报错。

遇到这个报错，我首先想到的是原子名的修正，最初 ACE 只有 C，后来改为 CH3、C、O 三个原子，NME 从只有一个 N 改为 N 和 C。但仍然报错

请问应该如何解决这个报错呢？附上文件

add_caps_robust.py (4.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

capped_amber_fixed.pdb (4.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

capped_final.pdb (4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

dlesfl_peptide_model.pdb (7.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

leap.in (141 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

yijiexia · 发表于 Post on 2026-6-29 00:33:31

写一个python脚本，去读这个PDB的每条链第一个残基、第二个残基和倒数第二个残基、最后一个残基的CA原子的坐标，然后在第一个原子前加一个ATOM行，残基名为ACE原子名为C，残基序数为原本第一个残基序号-1，原子序数为原本原子-1，坐标为前两个残基CA顺延的坐标，NME同理的新PDB。AMBER TLEAP会按照ACE模板补全原子，后续能量最小化和预平衡能够让自动补全的端基变成自然的构象。

student0618 · 发表于 Post on 2026-6-29 00:52:34

除了楼上的方法，

Amber 短肽其实可以直接建，尤其是之后也要构象搜索，可参考
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=64740

然后tleap 命令错得很离谱，addions怎么会是封端？！就算不管命令意思搜Amber手册也可以找到addion用来作什么的哦？！

gsd · 发表于 Post on 2026-6-29 18:04:52

或者如果不是用的Server的话，直接用AF3预测带ACE和NME的多肽构象，视同共价配体；

或者薛定谔，批量准备蛋白，把cap terminal勾上，不希望最小化就别做最后一步；

另外pymol也有python api，让ai写个python脚本，用pymol处理也行；
addions的那个帖子真不知道谁以讹传讹出来的，纯属误导。

王涛 · 发表于 Post on 2026-6-29 19:52:51

yijiexia 发表于 2026-6-29 00:33
写一个python脚本，去读这个PDB的每条链第一个残基、第二个残基和倒数第二个残基、最后一个残基的CA原子的 ...

老师您好，我按照您的方法进行了操作，但遇到一个报错一直无法解决。请问有解决方法吗？

王涛 · 发表于 Post on 2026-6-29 19:54:02

student0618 发表于 2026-6-29 00:52
除了楼上的方法，

Amber 短肽其实可以直接建，尤其是之后也要构象搜索，可参考

谢谢老师。我决定采取楼上老师说的python脚本的办法。但一直遇到报错无法解决，希望您有空看一下。

王涛 · 发表于 Post on 2026-6-29 19:59:05

gsd 发表于 2026-6-29 18:04
或者如果不是用的Server的话，直接用AF3预测带ACE和NME的多肽构象，视同共价配体；

或者薛定谔，批量准 ...

谢谢老师您的建议！老师方便提供一个 JSON 输入文件我参考一下吗？
这是我目前的 JSON 输入文件
{
  "name": "DLESFL_peptide",
  "sequences": [
{
   "protein": {
      "id": "A",
      "sequence": "DLESFL",
      "unpairedMsa": "",
      "pairedMsa": "",
      "templates": []
   }
}
  ],
  "modelSeeds": [13],
  "dialect": "alphafold3",
  "version": 1
}

student0618 · 发表于 Post on 2026-6-29 20:17:43

空格对齐有问题，检查pdb栏位

yijiexia · 发表于 Post on 2026-7-1 17:25:02

王涛发表于 2026-6-29 19:52
老师您好，我按照您的方法进行了操作，但遇到一个报错一直无法解决。请问有解决方法吗？

PDB格式有问题，你可以去网上查一下PDB格式是什么样的。你的写法残基被识别为了`CE `而非ACE。

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