请教AMBER封端操作

王涛

我的多肽结构是由AF3预测得到的，后面想用于AMBER动力学模拟。现在想对这个结构进行封端（N端乙酰基 ACE，C端甲氨基 NME），我现在有这个pdb文件，请问amber里面有命令可以进行封端吗？或者应该如何操作呢？看网上都是拿pymol进行的封端，我是想找个可以批量处理的办法，比如用基于命令行的方法
ps：看到有人用以下命令封端，不知道对不对
tleap
source leaprc.protein.ff14SB   
source leaprc.water.tip3p   
protein = loadpdb "your_protein.pdb"
addions protein ACE
addions protein NME
savepdb protein "protein_with_termini.pdb"
quit

yijiexia

写一个python脚本，去读这个PDB的每条链第一个残基、第二个残基和倒数第二个残基、最后一个残基的CA原子的坐标，然后在第一个原子前加一个ATOM行，残基名为ACE原子名为C，残基序数为原本第一个残基序号-1，原子序数为原本原子-1，坐标为前两个残基CA顺延的坐标，NME同理的新PDB。AMBER TLEAP会按照ACE模板补全原子，后续能量最小化和预平衡能够让自动补全的端基变成自然的构象。

student0618

除了楼上的方法，

Amber 短肽其实可以直接建，尤其是之后也要构象搜索，可参考
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=64740

然后tleap 命令错得很离谱，addions怎么会是封端？！就算不管命令意思搜Amber手册也可以找到addion用来作什么的哦？！