MD中盒子变大导致内部水分子分布不均的问题

uenh1998

各位老师好，如题所示  这个模拟是研究外加Z方向正弦波  研究其对蛋白配体结合的影响。   模拟过程中发现盒子的尺寸沿Z向先增大，后逐渐缩小回原状。导致盒子体积也出现明显的突变。
带来的现象是，盒子内水分子分布严重不均，两端密集，而中部蛋白附近稀疏。 这个轨迹很明显是不合理的。
怀疑是控压的参数问题，以下是这次模拟的控压参数1：
Pcoupl     = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
我试着减小控压参数（tau_p 改为 = 0.5），增强压力耦合效果看看能否改善这样的现象，结果还是不行。请问各位老师，针对这样的问题，有没有合适的解决办法。  感谢老师！

附上我3次同条件（控压参数1）下模拟的盒子体积变化情况，以及0ns，220ns处的结构图。

student0618

先换压浴(c-rescale或最稳定的Berendsen) 试试，PR不稳定很常见。

uenh1998

student0618 发表于 2026-6-29 15:22
先换压浴(c-rescale或最稳定的Berendsen) 试试，PR不稳定很常见。

感谢，我试下更换压浴，产生相全程用Berendsen，应该不会被质疑吧

sobereva

uenh1998 发表于 2026-6-30 15:35
感谢，我试下更换压浴，产生相全程用Berendsen，应该不会被质疑吧

产生相用Berendsen容易被吹毛求疵的审稿人吐槽，全程都用C-rescale可以

uenh1998

sobereva 发表于 2026-6-30 18:36
产生相用Berendsen容易被吹毛求疵的审稿人吐槽，全程都用C-rescale可以

感谢社长，目前我用的gromacs版本是2020.6，没支持C-rescale控压，我更新下gromacs的版本试下。