相变RMSD,RMSF,Rg图片异常

TGYYY

老师们好，我目前做了两个相同蛋白质相变的体系，跑了1200ns，分析RMSD，RMSF，Rg时感觉总是有问题，想问一下是命令有问题还是选组有问题，还是在做轨迹处理时有问题。先谢谢老师解答了！
1.创建干净的索引文件gmx make_ndx -f md_0_12.tpr -o analysis.ndx
ri 1-285
ri 286-570
15 | 16  
q
2. 生成纯蛋白 tpr
gmx convert-tpr -s md_0_12.tpr -n analysis.ndx -o protein.tpr
17
3. 先提取纯蛋白轨迹
gmx trjconv -s md_0_12.tpr -f 1200ns.xtc -n analysis.ndx -o protein_raw.xtc
17
4. 纯蛋白去跳跃
gmx trjconv -s protein.tpr -f protein_raw.xtc -o protein_nojump.xtc -pbc nojump
1
5.纯蛋白居中、保持完整
gmx trjconv -s protein.tpr -f protein_nojump.xtc -o protein_centered.xtc -center -pbc mol -ur compact
1 1
6.生成用于 RMSD/RMSF/PCA 的 fit 轨迹
gmx trjconv -s protein.tpr -f protein_centered.xtc -o protein_fit.xtc -fit rot+trans
4 1
RMSD 均方根偏差
gmx rms -s protein.tpr -f protein_fit.xtc -n analysis.ndx -o rmsd_complex.xvg
4 4
gmx make_ndx -f  protein.tpr -n analysis.ndx -o chain_index.ndx
15 & 4    16 & 4     17 & 4
gmx rms -s protein.tpr -f protein_fit.xtc -n chain_index.ndx -o rmsd_B.xvg
18 18
RMSF 均方根涨落
gmx rmsf -s protein.tpr -f protein_fit.xtc -n chain_index.ndx -o rmsf_complex.xvg -res
4
gmx rmsf -s protein.tpr -f protein_fit.xtc -n chain_index.ndx -o rmsf_B.xvg -res


这是我试的第二个方法的命令：gmx trjconv -s md_0_12.tpr -f 1200ns.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster     -1（protein）-0(system)
gmx trjconv -s md_0_12.tpr -f md_cluster.xtc -o md_nopbc.xtc -pbc mol -center    -1（protein）-0(system)
gmx trjconv -s md_0_12.tpr -f md_nopbc.xtc -o md_fit.xtc -fit rot+trans  -4（backbond）-0(system)
gmx rms -s md_0_12.tpr -f md_fit.xtc -n chain_index.ndx -tu ns -o rmsd_complex.xvg
gmx rms -s md_0_12.tpr -f md_fit.xtc -n chain_index.ndx -tu ns -o rmsd_A.xvg

student0618

PBC明显没处理好，试试用trjconv -pbc cluster选整个complex的组

TGYYY

gmx trjconv -s md_0_12.tpr -f 1200ns.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster     -1（protein）-0(system)
您是指这步嘛，在第二个方法里面我第一个就是做的这个命令，选的就是整个复合物的组，但是输出的图就是第一个图，感觉问题也很大。
gmx trjconv -s md_0_12.tpr -f 1200ns.xtc -o pbc.xtc -pbc mol -center
1 0
gmx trjconv -s md_0_12.tpr -f pbc.xtc -o fit.xtc -fit rot+trans
4 0
gmx rms -s md_0_12.tpr -f fit.xtc -n chain_index.ndx -tu ns -o rmsd_complex.xvg
4 4
gmx rms -s md_0_12.tpr -f fit.xtc -n chain_index.ndx -tu ns -o rmsd_A.xvg
18 18 同时我也试了这个，做出来的图还是有问题，请您再帮忙看一下，谢谢！