计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 20|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] SASA亲疏水面积与总的不等的原因

[复制链接 Copy URL]

1

帖子

0

威望

35

eV
积分
36

Level 2 能力者

各位老师好,我用Gromacs跑了NaOH 、甜菜碱、木质素还有NaOH体系的50ns的npt,然后在对体系求SASA时候发现亲水部分的面积和疏水部分的面积之和不等,甚至亲水加疏水大于总的SASA的一倍,命令行如下:
提取xtc-gmx trjconv -f npt-e.trr -o traj-e.xtc -s npt-e.tpr -pbc mol -b 1000 -e 50000
计算亲水 gmx sasa -f traj-e.xtc -s npt-e.tpr -n mix.ndx -surface 'group Lignin and (charge < -0.2 or charge > 0.2)' -o sasa_hydrophilic.xvg
计算疏水 gmx sasa -f traj-e.xtc -s npt-e.tpr -n mix.ndx -surface "group Lignin and charge >= -0.2 and charge <= 0.2" -o sasa_hydrophobic.xvg
计算总的 gmx sasa -f traj-e.xtc -s npt-e.tpr -n mix.ndx -surface 'group Lignin' -o sasa_all.xvg,这是啥情况引起的呀,求助

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-7-1 20:05 , Processed in 0.216801 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list