各位老师好,我用Gromacs跑了NaOH 、甜菜碱、木质素还有NaOH体系的50ns的npt,然后在对体系求SASA时候发现亲水部分的面积和疏水部分的面积之和不等,甚至亲水加疏水大于总的SASA的一倍,命令行如下:
提取xtc-gmx trjconv -f npt-e.trr -o traj-e.xtc -s npt-e.tpr -pbc mol -b 1000 -e 50000
计算亲水 gmx sasa -f traj-e.xtc -s npt-e.tpr -n mix.ndx -surface 'group Lignin and (charge < -0.2 or charge > 0.2)' -o sasa_hydrophilic.xvg 计算疏水 gmx sasa -f traj-e.xtc -s npt-e.tpr -n mix.ndx -surface "group Lignin and charge >= -0.2 and charge <= 0.2" -o sasa_hydrophobic.xvg 计算总的 gmx sasa -f traj-e.xtc -s npt-e.tpr -n mix.ndx -surface 'group Lignin' -o sasa_all.xvg,这是啥情况引起的呀,求助
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