请教如何构建用于粗粒度模拟的脂质体模型

Eianghuan · 发表于 Post on 2026-7-1 20:59:11

请教各位老师和大佬，学生的课题涉及到模拟脂质体穿越细胞膜的膜融合过程，需要构建一个由DOPC，DOPE，DOTAP以及DSPE-PEG共同构成的脂质体。我首先尝试了Charmm-Gui的martini构建器，但这个构建器中缺少DOTAP和DSPE-PEG的单体，因此没法构建。我后面又尝试了使用insane和TS2CG，都没能构建成球形的脂质体。

想请教老师们指一条明路

student0618 · 发表于 Post on 2026-7-1 21:03:35

试试packmol调一调radius建模，有pdb格式分子就可以，拓朴另外处理

Eianghuan · 发表于 Post on 2026-7-2 20:20:30

student0618 发表于 2026-7-1 21:03
试试packmol调一调radius建模，有pdb格式分子就可以，拓朴另外处理

好嘞，谢谢dalao指路，我去尝试一下！

yuzc · 发表于 Post on 2026-7-6 16:00:04

http://sobereva.com/245

Acee · 发表于 Post on 2026-7-8 03:09:09

方案1: 纯自组装的liposome, 一般跑个几十ns就能自己组装成一个liposome
方案2:先用charmm-gui或者bumpy.py这些建成一个简单的liposome, 然后用packmol针对你缺失的lipid建一个简单的, 半径正确的球形体系, 然后把两个坐标合并在一起, 删除overlap的lipids

个人觉得做一个自组装的liposome最简单可行

kaiyuan · 发表于 Post on 2026-7-8 14:02:21

可以参考这篇文章，https://doi.org/10.1021/acs.jctc.5c01207，我记得里面提供的流程是可以重复出来的

Eianghuan · 发表于 Post on 2026-7-9 12:17:54

Acee 发表于 2026-7-8 03:09
方案1: 纯自组装的liposome, 一般跑个几十ns就能自己组装成一个liposome
方案2:先用charmm-gui或者bumpy.p ...

我明白了，谢谢大佬！

Eianghuan · 发表于 Post on 2026-7-9 12:18:18

kaiyuan 发表于 2026-7-8 14:02
可以参考这篇文章，https://doi.org/10.1021/acs.jctc.5c01207，我记得里面提供的流程是可以重复出来的

谢谢dalao指路，我去学习一下！

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