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计算化学公社

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[GROMACS] 共轭聚合物链和邻二甲苯构成的体系用gromacs退火流程求助

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我的体系包含了20条共轭聚合物链(每个聚合物链包含10个单体)和20000个邻二甲苯分子,我目前的退火参数是从300K升温到550K然后模拟到平衡,再按15K/ns速度降温,因为邻二甲苯的沸点大概在420K左右,我想知道我550K的退火温度是否过高,推荐用多少的温度退火即可呢?我的聚合物二面角力常数最大为28左右。

聚合物分子式





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发表于 Post on 2026-7-2 02:21:38 | 只看该作者 Only view this author
你用NVT做退火就不用管溶剂的实际沸点,即便高于沸点也不会像NPT那样盒子爆炸
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-2 09:34:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-2 02:21
你用NVT做退火就不用管溶剂的实际沸点,即便高于沸点也不会像NPT那样盒子爆炸

老师,我做的是NPT退火,我担心550K下溶剂分子比实际情况要分散,导致聚合物被迫聚集,我需要把温度将至沸点之下跑退火吗?

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发表于 Post on 2026-7-3 00:36:30 | 只看该作者 Only view this author
lts! 发表于 2026-7-2 09:34
老师,我做的是NPT退火,我担心550K下溶剂分子比实际情况要分散,导致聚合物被迫聚集,我需要把温度将至 ...

先跑了再说
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-3 12:18:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lts! 于 2026-7-3 12:30 编辑

老师,我已经跑了,我发现在550K下,这个聚合物仍然存在pai-pai相互作用,我感觉不符合理论实际,毕竟温度已经很高了,当我进一步加温到650K时,由于邻二甲苯分子已经足够分散,聚合物就自发聚集成团了,我用的力场参数都是GAFF2预建参数给的,我现在的问题是,550K下模拟存在的pai-pai堆积是因为溶剂分子不算很紧凑被动导致的,还是力场参数需要进行调整呢,比如降低一下芳香C的LJ相互作用参数。

650K下由于完全不溶解了,聚合物自发聚集了

550K下的整体

小部分链仍存在一些大面积的ππ相互作用,

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发表于 Post on 2026-7-3 17:15:39 | 只看该作者 Only view this author
lts! 发表于 2026-7-3 12:18
老师,我已经跑了,我发现在550K下,这个聚合物仍然存在pai-pai相互作用,我感觉不符合理论实际,毕竟温 ...

那叫pi-pi
当前聚合物未必真到了那么高温度,你可以单独对聚合物弄一个控温组再试,退火也只对聚合物组退火
不要自己改GAFF2的参数
第一张图的密度明显太低,盒子太大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-3 19:03:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-3 17:15
那叫pi-pi
当前聚合物未必真到了那么高温度,你可以单独对聚合物弄一个控温组再试,退火也只对聚合物组 ...

好的好的老师,我试试单独控温,第一张图是650K邻二甲苯分子已经不再是液态了,所以盒子很大了

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发表于 Post on 2026-7-3 20:25:30 | 只看该作者 Only view this author
lts! 发表于 2026-7-3 19:03
好的好的老师,我试试单独控温,第一张图是650K邻二甲苯分子已经不再是液态了,所以盒子很大了

哪怕那么高温时本应是气态,只要盒子尺寸对应液态的密度,照样看起来还是液态,只不过是高压状态的液体而已
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-5 10:40:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-3 17:15
那叫pi-pi
当前聚合物未必真到了那么高温度,你可以单独对聚合物弄一个控温组再试,退火也只对聚合物组 ...

老师,我在之前总体550KNPT模拟的盒子下对聚合物和溶剂分子单独控温在550K,但是聚合物还是在大部分轨迹中都存在有大面积ππ堆积

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发表于 Post on 2026-7-6 14:30:36 | 只看该作者 Only view this author
共轭聚合物要循环退火,持久长度太大了,松弛不易。需要多次循环退火。你去搜https://static-content.springer. ... 1334_MOESM1_ESM.pdf
polymatic原文的支持信息里给了循环操作的方案。对于共轭聚合物你要把Tmax设置为1000K .
这个是lammps版本的,你用AI给它翻译成gromacs的工作流即可。

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