求助使用CP2K计算有机小分子晶体拉曼光谱输入文件设置及计算效率问题

sherlcokerry · 发表于 Post on 4 day ago

  各位大佬好。本人因为前期对粉末形式的物质拉曼光谱进行了检测，现在想对应地做晶体的拉曼光谱计算，一是与实验光谱作比较，二是与量子化学程序计算出的单个分子的光谱做比较。在CCDC上找到了对应分子晶体结构数据，以其做为初始结构进行计算。
  目前几何优化算完了（PBE-D3(BJ) / DZVP-MOLOPT-GTH，CUTOFF 400，REL_CUTOFF 55 ，输入文件以附件形式提供在文后）。但是在使用几何优化的.restart按照同样的关键词产生振动分析输入文件并在服务器上提交后，发现进行振动分析计算时计算耗时会非常多，我不确定是否正常，遂来求教各位。
  参照北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）讲义上“有限差分计算Hessian的细节”部分的内容，使用.psmp版本的CP2K，加上[backcolor=color(srgb 0.953333 0.953333 0.953333)]mpirun -np 25 -x OMP_NUM_THREADS=4  的命令运行。经过22 小时（第 1 批接近完成）。照此估算的话总 Replica 数是否为2 × 3N = 1038（还是3N = 519），振动分析的任务将耗时38天（或21天）。这使我不禁好奇，我是否在输入文件的参数设置之初有有问题。想请教一下该任务的计算级别选择是否合理，在关键词选取上有哪些可以改进的地方？谢谢！几何优化输入文件与振动分析输入文件的.inp格式的文件以附件形式上传到此贴中，几何优化的.out文件由于文件过大，未能上传。如需其它相关文件，请告知于我，我会想办法提供。谢谢！

PCP_cryst_opt.inp (14.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

PCP_cryst_freq.inp (14.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

sobereva · 发表于 Post on 4 day ago

正常情况振动分析耗时不可能这么离谱
先把DO_RAMAN关了看看什么情况。并且如培训幻灯片所说，强烈建议振动分析任务开启WFN_RESTART_FILE_NAME读取优化任务产生的wfn文件当初猜
牵扯到并行计算的事，一定要说清楚当前机子有多少物理核心

sherlcokerry · 发表于 Post on 4 day ago

sobereva 发表于 2026-7-5 17:51
正常情况振动分析耗时不可能这么离谱
先把DO_RAMAN关了看看什么情况。并且如培训幻灯片所说，强烈建议振动 ...

感谢社长回复，服务器显示有128个核心，Core(s) per socket: 4 Socket(s): 32。但不是专门跑科学计算的核心（公司的服务器）。我再让任务跑一天看看情况，然后把DO_RAMAN关了，开启WFN_RESTART_FILE_NAME读取优化任务产生的wfn文件当初猜。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] 求助使用CP2K计算有机小分子晶体拉曼光谱输入文件设置及计算效率问题

浏览过的版块