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[GROMACS] 体系中加入磷酸氢根和磷酸二氢根EM均不能成功,求老师指点

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本帖最后由 yzl2008ll 于 2026-7-6 18:37 编辑

各位老师好,因为我要跑的体系中包含HPO42-和H2PO4-离子,因此要用到Sobtop生成两种离子的.itp文件,但是在EM阶段始终不能最小化,因此不断简化体系,一直到只有其中一种离子,均不能EM,因此怀疑我的.itp文件参数有问题,还请各位老师指点,相关文件我已上传,谢谢

H2PO4.itp

3.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

HPO4.itp

3.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

test.pdb

9.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

em.mdp

372 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

HPO4.gro

382 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

H2PO4.gro

429 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

HPO4.pdb

675 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

H2PO4.pdb

779 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2026-7-6 19:06:50 | 只看该作者 Only view this author
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8,尤其是里面说的1-4作用项
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-7 12:08:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-6 19:06
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8,尤其是里面说的1-4作用项

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2026-7-28 09:29:32 | 只看该作者 Only view this author
我也是做这两个搞了一周多了还是错 sobtop 之类的都用过 不知道哪里错了 你有解决吗  求指教

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发表于 Post on 2026-7-28 09:31:02 | 只看该作者 Only view this author
Lir 发表于 2026-7-28 09:29
我也是做这两个搞了一周多了还是错 sobtop 之类的都用过 不知道哪里错了 你有解决吗  求指教

不要笼统提问,说清楚什么体系、什么报错,以及看当前帖子里别人的回复。认真看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2026-7-29 10:42:51 | 只看该作者 Only view this author
不知道楼主的问题解决没有,我用sobtop生成itp做类似含有膦酸的体系时,膦酸羟基上的H在做nvt平衡阶段时会产生不合理的构型,需要把Ho的两个参数改成非0值才能跑出合理的结果

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发表于 Post on 2026-7-29 18:58:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2026-7-29 19:00 编辑

根据我以前的经验,http://bbs.keinsci.com/thread-46947-1-1.html
RESP电荷用于做碳酸根和磷酸氢根之类的模拟,是有这个问题。试试缩放电荷。

你也可以自己搞一套合理的专门适用于磷酸氢根的电荷。
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-31 09:41:04 | 只看该作者 Only view this author
Lir 发表于 2026-7-28 09:29
我也是做这两个搞了一周多了还是错 sobtop 之类的都用过 不知道哪里错了 你有解决吗  求指教

我是把1-4作用项去了(从[ pairs ]中删除对应的),然后成功了

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发表于 Post on 2026-8-4 12:53:12 | 只看该作者 Only view this author
yzl2008ll 发表于 2026-7-31 09:41
我是把1-4作用项去了(从[ pairs ]中删除对应的),然后成功了

我是将键角常数增大了百分之七十 没动1-4  也成功了  还是参考sob老师的  然后做蛋白质 很容易吸附到蛋白质表面  不知道正确吗

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发表于 Post on 2026-8-4 13:09:55 | 只看该作者 Only view this author
Lir 发表于 2026-8-4 12:53
我是将键角常数增大了百分之七十 没动1-4  也成功了  还是参考sob老师的  然后做蛋白质 很容易吸附到蛋白 ...

看蛋白是带正电还是负电的残基较多
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2026-8-4 14:12:37 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-8-4 13:09
看蛋白是带正电还是负电的残基较多

BSA 整体带-17e

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发表于 Post on 2026-8-4 16:26:36 | 只看该作者 Only view this author

抱歉我指的是吸附部分的残基,带电荷的残基吸附离子很正常
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2026-8-5 11:23:09 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-8-4 16:26
抱歉我指的是吸附部分的残基,带电荷的残基吸附离子很正常

明白明白谢谢

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