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[GROMACS] 体系中加入磷酸氢根和磷酸二氢根EM均不能成功,求老师指点

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本帖最后由 yzl2008ll 于 2026-7-6 18:37 编辑

各位老师好,因为我要跑的体系中包含HPO42-和H2PO4-离子,因此要用到Sobtop生成两种离子的.itp文件,但是在EM阶段始终不能最小化,因此不断简化体系,一直到只有其中一种离子,均不能EM,因此怀疑我的.itp文件参数有问题,还请各位老师指点,相关文件我已上传,谢谢

H2PO4.itp

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HPO4.itp

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test.pdb

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em.mdp

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HPO4.gro

382 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

H2PO4.gro

429 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

HPO4.pdb

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H2PO4.pdb

779 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8,尤其是里面说的1-4作用项
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 12:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-6 19:06
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8,尤其是里面说的1-4作用项

好的,谢谢老师

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