Tinker非标准残基力场参数补充问题

frederic · 发表于 Post on 前天 17:29

各位老师、同学们好：

我需要使用openmolcas+tinker联用对BLUF蛋白做QM/MM计算，由于Tinker默认的Amber力场参数中并不包含非标准残基FMN,这部分的力场参数需要我手动补充，但不知道该怎么做。在网上搜索没有任何相关的说明或者分享，Tinker的手册也相当于什么都没有说明。请问是直接改写Tinker的prm文件还是在key文件中补充？如果改写prm文件是否需要添加全新的原子种类？还有什么注意事项吗？

十分感谢大家分享经验！

Huschein · 发表于 Post on 7 hour ago

这里有做法和转换工具

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.4c01463

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