Sobtop中调用Openbabel并行实现方法问题

Farnesol · 发表于 Post on yesterday 09:59

如题，本人正在进行聚合物MD相关的研究，经常需要用到社长的Sobtop，并使用Obabel赋予MMFF94电荷。然而，有些聚合物链过长，体系过大，Sobtop中调用Obabel好像默认是直接调用路径运行的，这样是单核运行，有时速度非常慢。我想使用mpirun的方式进行多核并行运行Obabel，但是在sobtop.ini中好像不能改，直接在Obabel路径中加上mpirun也会报错。因此想请问各位大佬是否有方法在Sobtop中调用Obabel时也能自动多核并行？或者退而求其次，直接在外部运行Obabel得到结果后，是否能够被Sobtop导入并识别？谢谢

Farnesol · 发表于 Post on yesterday 10:03

另外发现分子过多时使用Openbabel服务器有概率卡死，不知是否有大佬有解决方案

sobereva · 发表于 Post on yesterday 20:09

Farnesol 发表于 2026-7-8 10:03
另外发现分子过多时使用Openbabel服务器有概率卡死，不知是否有大佬有解决方案

“分子过多”指代不明
如果你是指分子团簇，这不是该直接给openbabel的，openbabel每次应当只处理一个分子

sobereva · 发表于 Post on yesterday 20:12

openbabel本来就不支持MPI并行，不要随便试图加上mpirun
一个程序如果自身不支持并行，就不可能并行，顶多是用户同时平行跑多个任务
http://sobereva.com/soft/Sobtop明确说了sobtop可以从外部chg文件载入原子电荷，你可以把openbabel或任何其它工具产生的原子电荷连同坐标通过脚本转换成chg格式让sobtop读进去
另外，Multiwfn算EEM电荷非常快，结合默认的参数对静电势的重现性比MMFF94还好，例子见Multiwfn手册4.7.5节。也完全可以让sobtop调用Multiwfn算EEM电荷

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