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[GROMACS] GROMACS域分解如何影响运算速度

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本帖最后由 1/2 于 2026-7-9 15:09 编辑

各位老师,我在跑同一个3万左右原子的NVT模拟时两次速度相差十几倍。由于第一次太慢所以我将.log交给AI,发现似乎是有些核太忙,有些太闲导致的。所以又进行了第二次尝试,两次差异只有.top和.gro中粒子顺序不同,发现速度确实快了很多,但其中原理还是不清楚,希望老师们解惑,感谢。
第一次
有机物1              270
有机物2              186
有机物3              135
OTf-                    600
ZN                      300
SOL                    5820

第二次
  SOL                 5820
有机物1           270
有机物2            186
有机物3            135
OTf-                 600
ZN                   300





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发表于 Post on yesterday 21:45 | 只看该作者 Only view this author
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http://bbs.keinsci.com/thread-55679-1-1.html
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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发表于 Post on yesterday 21:47 | 只看该作者 Only view this author
未必和[molecules]里的顺序有实质性关系,很可能只是两次计算时运行环境有变。测试的时候不要让机子跑着其它东西,并且确保两次计算时GPU都利用上了,耗时相差一个数量级极有可能一次是CPU跑的一次是GPU跑的。弄不清楚的时候检查、对比log文件来判断细节,借助诸如diff命令、ultraedit的文件对比功能等
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用的服务器只有CPU,我附上了负载信息和.log文件,麻烦老师看看。
我用的命令
grep -E "Domain decomposition grid|DD  step|imb F|dlb|load imb" md_new.log > new_dd.txt                                
grep -E "Domain decomposition grid|DD  step|imb F|dlb|load imb" md_old.log > old_dd.txt

md_new.log.zip

376.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

md_old.log.zip

275.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

new_dd.txt.zip

29.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

old_dd.txt.zip

24.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-9 21:45
别在本论坛交流的时候随便提及AI,认真看
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