用于周期性结构中插入分子的python脚本

Eudaimonia

对于结构较为分明的情况，可以通过packmol，sob老师的的genmer来生成slab上下或者包围簇结构的模型
但是最近遇到一个需求，要在MOF中插入n个吸附分子，这个时候因为定位和周期性的问题，用genmer插入换了几种写法都得不到比较满意的结果
于是用ds搓了一段python代码，控制文件为脚本同目录下的config.json文件，如下所示
使用的时候#及之后的注释删掉才能运行


{
    "_说明": "===== 双击 insert_guest.py 即可运行，修改下方参数后保存 =====",

    "host": "MOF.cif",  #主体结构，即MOF的结构

    "guests": [
        { "path": "CO2.xyz",  "count": 50 },   #插入分子结构，为xyz格式，50是插入个数
        { "path": "CHCH.xyz",  "count": 50 }  #可以写第二个结构，会依次插入到主体结构中
    ],

    "min_dist":      2.2,  #原子之间的最小距离，单位A，遇到金属暴露的体系可以适当放宽
    "max_attempts":  100000,  #最大的尝试次数，如果尝试了n次还没有生成结构就会报错，生成当前插入的结构
    "fail_limit":    50000,
    "seed":          42,  #随机种子
    "output":        "111.cif", #生成cif文件和目录名称
    "snapshot_interval": 1  #把生成的结构按照此处设置的n拆成 插入分子数量/n 个单独cif结构，按照插入顺序依次生成，因为我是做构像搜索，需要做一个拆分
}

sobereva

这个情况用gromacs的gmx insert-molecules，或者packmol（http://sobereva.com/473。用的时候开启周期性考虑），都很适合在MOF的空挡中随机插入分子