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[分子对接] 金属离子如何跟蛋白进行分子对接?下载不到金属离子的三维sdf格式

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我想请教,金属离子如何跟蛋白进行分子对接,下载不到金属离子的三维sdf格式

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发表于 Post on 4 hour ago | 只看该作者 Only view this author
本来就没法这么对接,这跟有没有sdf文件无关。你若真需要单原子的sdf文件,直接gview画一个保存成sdf就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-10 11:10
本来就没法这么对接,这跟有没有sdf文件无关。你若真需要单原子的sdf文件,直接gview画一个保存成sdf就完了

是不是只能用薛定谔去进行对接呀,sob老师,我之前只做过小分子配体的分子对接,对单独金属离子的不太了解

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发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
LJZZZZ 发表于 2026-7-10 11:45
是不是只能用薛定谔去进行对接呀,sob老师,我之前只做过小分子配体的分子对接,对单独金属离子的不太了 ...

记得以前ucsf chimera有个插件GaudiMM专门用genetic algorithm做这个的

Co-folding有不少也支持金属离子

也可以找其他相关文献
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