金属离子如何跟蛋白进行分子对接？下载不到金属离子的三维sdf格式

LJZZZZ · 发表于 Post on 2026-7-10 10:51:26

我想请教，金属离子如何跟蛋白进行分子对接，下载不到金属离子的三维sdf格式

sobereva · 发表于 Post on 2026-7-10 11:10:25

本来就没法这么对接，这跟有没有sdf文件无关。你若真需要单原子的sdf文件，直接gview画一个保存成sdf就完了

LJZZZZ · 发表于 Post on 2026-7-10 11:45:50

sobereva 发表于 2026-7-10 11:10
本来就没法这么对接，这跟有没有sdf文件无关。你若真需要单原子的sdf文件，直接gview画一个保存成sdf就完了

是不是只能用薛定谔去进行对接呀，sob老师，我之前只做过小分子配体的分子对接，对单独金属离子的不太了解

student0618 · 发表于 Post on 2026-7-10 12:57:02

LJZZZZ 发表于 2026-7-10 11:45
是不是只能用薛定谔去进行对接呀，sob老师，我之前只做过小分子配体的分子对接，对单独金属离子的不太了 ...

记得以前ucsf chimera有个插件GaudiMM专门用genetic algorithm做这个的

Co-folding有不少也支持金属离子

也可以找其他相关文献

sobereva · 发表于 Post on 2026-7-10 21:19:20

LJZZZZ 发表于 2026-7-10 11:45
是不是只能用薛定谔去进行对接呀，sob老师，我之前只做过小分子配体的分子对接，对单独金属离子的不太了 ...

alphafold2就可以直接产生蛋白质和金属离子结合状态的结构，可以尝试

要说清楚是什么金属离子，诸如s族的和d族的有天壤之别，和蛋白质结合的物理本质极为不同。靠静电作用结合的碱金属离子光是靠结合普通力场跑MD、统计sdf就可以知道容易在哪结合，而大多是靠配位键结合的d族金属离子就没法这么搞

另外，我完全不知道你为什么会提到价格非常昂贵的薛定谔，我从来不用这玩意。免费的分子对接程序一大堆，很多完全不比它差甚至明显更好。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[分子对接] 金属离子如何跟蛋白进行分子对接？下载不到金属离子的三维sdf格式