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[建模与可视化] 有机小分子表面选择吸附问题

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本帖最后由 Trivers 于 2026-7-10 11:18 编辑

      各位老师好!
      我最近在研究,一种手性有机小分子在另一种手性分子的表面是否存在特异性吸附的问题。我的思路是,参考sob老师的这篇博文使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元,用有机晶体进行研究。我的做法是从有机小分子晶体中,截取一层分子,总共12个,固定非氢原子后优化H的位置,计算方法是M062x/6-31G*。这里我尝试过构建两层,但是优化的时候内存不足报错了。12个分子是可以正常优化的。我的下一步是把目标分子以一定朝向摆到这层晶体上,进行结构优化。
      我有几个问题想请教:
      1、我能否冻结整层晶体的分子,只对吸附分子进行结构优化?还是说,固定周围一圈分子,中间几个和吸附分子相互作用较大的分子不做限制?
      2、整个体系内分子可能形成氢键的位点比较多,如何比较快速地找到比较合理的吸附构型?
      晶体优化的输入文件在附件中,输出结果太大了不太好传,我上传了优化后的结构截图。请各位老师批评指正!

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侧视图.png

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俯视图.png

input.gjf

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