求助有机小分子表面选择吸附计算问题、如何寻找吸附构型

Trivers

      各位老师好！
      我最近在研究，一种手性有机小分子在另一种手性分子的表面是否存在特异性吸附的问题。我的思路是，参考sob老师的这篇博文使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元，用有机晶体进行研究。我的做法是从有机小分子晶体中，截取一层分子，总共12个，固定非氢原子后优化H的位置，计算方法是M062x/6-31G*。这里我尝试过构建两层，但是优化的时候内存不足报错了。12个分子是可以正常优化的。我的下一步是把目标分子以一定朝向摆到这层晶体上，进行结构优化。
      我有几个问题想请教：
      1、我能否冻结整层晶体的分子，只对吸附分子进行结构优化？还是说，固定周围一圈分子，中间几个和吸附分子相互作用较大的分子不做限制？
      2、整个体系内分子可能形成氢键的位点比较多，如何比较快速地找到比较合理的吸附构型？
      晶体优化的输入文件在附件中，输出结果太大了不太好传，我上传了优化后的结构截图。请各位老师批评指正！

sobereva

1 吸附位点区域的晶体上的原子不能冻结
2 根据被吸附物和晶体表面的氢键给体/受体的位置做一定程度判断。但光考虑这些并不可靠，色散作用以及其它形式的静电作用也可能明显影响吸附位置、朝向。原理上很合理的做法是跑足够长的动力学，每隔一定帧数做一次几何优化，取所有优化任务产生的能量最低结构（类似于动力学结合molclus做构象搜索，http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html，http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html），但此过程比较麻烦且很耗时。

非常不推荐用M06-2X做优化，耗时高而且容易出现虚频、几何优化不收敛。B3LYP-D3(BJ)是好得多的选择，参考下文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）


当前体系用CP2K研究远比用量子化学程序要好，不仅完美考虑周期性，速度还快得多得多，而且CP2K支持的GFN1-xTB跑这类体系的动力学也很容易、速度挺快。通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）能很容易上手这类计算。

Trivers

谢谢sob老师！我了解了！我会先参加一下CP2K的培训，再进行相关的计算！