求助如何用GROMACS正确复现水和熔体不混溶的实验结果

Evan_the_Blue · 发表于 Post on 3 hour ago

本帖最后由 Evan_the_Blue 于 2026-7-10 19:28 编辑

求助，想请教老师和各位坛友前辈，用GROMACS经典MD研究水和熔体不混溶的可行性
体系：2000 Na+、1000 CO32- 、3000 H2O(opc3)
温压：约 600°C 4000 bar
npt: T-NoseHoover P-Berendsen,
实验发现碳酸钠-水过饱和体系，在高温高压的条件下水和碳酸钠熔体可以以任意比互溶；但是用GROMACS计算发现，无论如何，调整温度压力，整个体系都无法达到完全均匀，总是会有局部的不均匀。
1. 是否体系规模太小？
2. 当前体系经典MD可以做不混溶吗？
3. 即便存在不均匀，有什么办法量化“均匀程度”以便进行多个温度压力的横向对比，什么样的均匀程度可以被认为是已经混溶了？
若还有其他的问题请指出，非常感谢。

student0618 · 发表于 Post on 3 hour ago

本帖最后由 student0618 于 2026-7-10 19:36 编辑

这个应该发分子模拟子板。

当前问题用的力场很重要，离子力场用什么？

还有就是OPC系列已知在高浓度离子会过早导致结晶的artifact

Evan_the_Blue · 发表于 Post on 2 hour ago

本帖最后由 Evan_the_Blue 于 2026-7-10 20:17 编辑

student0618 发表于 2026-7-10 19:33
这个应该发分子模拟子板。

当前问题用的力场很重要，离子力场用什么？

1. CO3的这个LJ参数属于哪一力场，最原始的文章本身没有提供参数，是它的一个citation中提供的，作者说法是这个力场参数是适应CLAYFF的参数；Na+是基于joung2008的针对SPCE优化过的LJ参数
2. 对于这样的高压体系，更换成TIP4P/2005是否可行？离子力场如何针对TIP4P更换？
3. 另外请问现在还能切换板块吗，刚才尝试编辑失败（只能切换本板块的话题），初次发帖请多指教

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 2 hour ago

出现不均匀，可能模拟时间太短，或者压浴的常数设置不合理。建议贴出来top 和模拟的mdp，细说模拟过程
然后需要排查电荷还有力场参数的合理性

Evan_the_Blue · 发表于 Post on 1 hour ago

SharkYYX2025 发表于 2026-7-10 20:24
出现不均匀，可能模拟时间太短，或者压浴的常数设置不合理。建议贴出来top 和模拟的mdp，细说模拟过程
然 ...

谢谢提醒，模拟时长2ns，通过轨迹发现整个模拟过程原子几乎没有大幅动过，体系总能量已经平衡
top文件：

离子的力场

opc3的结构

mdp文件

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