关于Sobtop中bonded_param.dat空行引起bonds和angle指认失败的疑似bug

bubaixiji

在使用sobtop(包括Version 2026.1.16和更早的dev5的win和linux版本）生成.top文件时，发现即使选择了 3 Prebuilt bonded parameters if possible, missing ones are supplemented by mSeminario method，生成的.itp文件bonds和angle字段中的参数基本全为mSeminario method，而没有prebuild的部分；而选择 4 Same as option 3, but missing ones are arbitrarily guessed，生成的.itp文件bonds和angle均为arbitrarily guessed。

经过排查，该问题是本人利用sobtop生成石英孔隙力场文件时，向bonded_param.dat添加了新的键参数和角参数，而为了区分自己添加的参数和自带的参数，本人空了一行（LJ_param.dat中有空行是不会出现问题的，所以本人想当然以为bonded_param.dat也能空行)，这也许导致sobtop无法识别空行后所有的键类型和角的类型，进而只能选择全部基于mSeminario method计算或者 arbitrarily guessed。删去空行后上述问题得到解决。

bonded_param.dat (260.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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LJ_param.dat (19.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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102.mol2 (26.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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以上是产生问题的bonded_param.dat文件，以及对应的LJ_param.dat文件，和所使用的.mol2文件，以供大佬们复现，文件主要是添加了INTERFACE力场适于Amber力场的石英参数。

也希望新手在使用sobtop时引以为戒。