两个分子的有机体系半经验法预优化报错求助

wuhangyao · 发表于 Post on 2026-7-13 21:41:15

各位老师好，我最近在给图片所示的由两个分子组成的有机体系做计算，首先采用半经验法pm7,pm6,pm3进行结构预优化，但均以失败告终，失败结果普遍为link 9999，偶有FormBX had a problem。想请教各位老师，该如何有效解决该问题？

HamsterXiao · 发表于 Post on 2026-7-13 22:27:43

pm3精度较低，更建议尝试pm7，9999报错可能是几何优化达到了步长上限，可以取优化最后一帧重新生成输入文件进行优化
按照你的体系大小，使用半经验方法cpu time达到数天比较反常，可能出现了震荡的问题，建议附上gview的optimization结果和输入文件

sobereva · 发表于 Post on 2026-7-14 04:27:07

PM3根本描述不了色散作用，用明显不合适又老掉牙的半经验方法优化弱相互作用复合物是严重缺乏理论常识的表现。PM6同样描述不了色散作用。认真把下文看了
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413

有尝试价值的只有能凑合描述色散作用的PM6D3和PM7
几何优化不收敛该怎么解决怎么解决
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

wuhangyao · 发表于 Post on 2026-7-14 09:50:10

各位老师，pm7的输出文件较大，我无法上传，这里给出pm7的optimization的结果，从结果来看，确实是震荡问题导致的，我也查看了“量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法”（http://sobereva.com/164）这个帖子，看完后想用opt=(calcall,cartesian)，freq，pm7来做关键字重新计算，各位老师看看这是否合理。还请各位老师批评指正。

HamsterXiao · 发表于 Post on 2026-7-14 14:06:39

wuhangyao 发表于 2026-7-14 09:50
各位老师，pm7的输出文件较大，我无法上传，这里给出pm7的optimization的结果，从结果来看，确实是震荡问题 ...

按照你的计算资源calcall是合理的，如果觉得计算资源不足可以改用calcfc，不过calcall关键词本身就是每一步优化后即计算Hessian，无需写freq关键词

wuhangyao · 发表于 Post on 2026-7-15 09:55:14

各位老师好，经过我的进一步调试，还是无法达到收敛限，目前使用的关键字是opt=(calcall,cartesian,GDIIS)，pm7，输出文件已上传，请各位老师帮忙看看

HamsterXiao · 发表于 Post on 2026-7-15 11:05:48

wuhangyao 发表于 2026-7-15 09:55
各位老师好，经过我的进一步调试，还是无法达到收敛限，目前使用的关键字是opt=(calcall,cartesian,GDIIS) ...

如果使用gdiis关键词几何优化无法收敛，可以尝试去掉，经过我的测试，取你的输出文件能量和梯度最低的一帧，使用opt=calcfc关键词经过十几步优化就可以得到无虚频结构

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 2026-7-15 13:43:18

本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-7-15 13:45 编辑

我拿你最后一帧结构，PM6D3关键词优化，不用写那些个复杂关键词。轻松收敛，无虚频。附gjf fchk

1.zip (2.02 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

1.gjf (5.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

大体系弱相互作用计算的解决之道 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 http://sobereva.com/214

李唯一 · 发表于 Post on 2026-7-15 14:10:00

预优化而已，也没必要非要收敛吧

wuhangyao · 发表于 Post on 2026-7-15 14:39:48

各位老师好，经过我对这篇帖子“量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法”（http://sobereva.com/164）的不断钻研，现在的结构可以收敛了，但是存在一个虚频。后续我会用b3lyp这个泛函进一步优化，那么此时需要把这个虚频去掉吗？还是说可以用b3lyp来算了？如果可以直接进入下一步，我需要注意些什么呢？请各位老师答疑解惑一下

wuhangyao · 发表于 Post on 2026-7-22 11:53:31

各位老师，第一张图是上面SharkYYX2025这位大佬优化的结果(PM6D3)，而第二张图则是我反复优化后才获得的结果（用的PM7，加了各种复杂关键字，浪费了不少机时），我今天看才发现，大佬优化结果显示出了氢键，而我的结果却什么都不显示。本人实在是新手，在各种结果优化中反复遇到报错情况，想请问各位老师，是如何做到像上面大佬一样的结果的？

wal · 发表于 Post on 2026-7-22 11:57:00

wuhangyao 发表于 2026-7-22 11:53
各位老师，第一张图是上面SharkYYX2025这位大佬优化的结果(PM6D3)，而第二张图则是我反复优化后才获得的结 ...

打开fchk文件即可显示虚键

zjxitcc · 发表于 Post on 2026-7-22 13:55:57

wuhangyao 发表于 2026-7-22 11:53
各位老师，第一张图是上面SharkYYX2025这位大佬优化的结果(PM6D3)，而第二张图则是我反复优化后才获得的结 ...

化学键，以及氢键，不是GaussView显示出来的，是通过波函数分析手段分析出来的。你要哪两个原子间的虚线可以自己在GaussView里手动添加；换句话说，你用GaussView打开fch(k)文件发现有几条X-H虚线不代表它们一定是氢键，只是一些文件和程序的内部规定而已。

HamsterXiao · 发表于 Post on 2026-7-23 10:07:21

wuhangyao 发表于 2026-7-22 11:53
各位老师，第一张图是上面SharkYYX2025这位大佬优化的结果(PM6D3)，而第二张图则是我反复优化后才获得的结 ...

如果两个结构都没有虚频，那就是同一个复合物的不同构象，使用更高精度计算单点能，何种构象能量更低就更接近真实结构

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