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[GROMACS] GROMACS计算分子间相互作用能时14能量项异常求助

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我的体系包含十条聚合物链(PM6),200个共轭小分子(L8-BO),20000个溶剂分子,我用最后10ns模拟的轨迹分析聚合物链与共轭小分子的相互作用能,但是最后在分析14作用时,PM6-PM6的14作用能为0,但是PM6-L8BO之间的14作用能却非常大,但是分子间的14作用能不应该严格为0吗,这是什么原因呢?

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发表于 Post on 2026-7-15 02:43:35 | 只看该作者 Only view this author
大概率是组的原子序号弄错了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-15 21:13:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-15 02:43
大概率是组的原子序号弄错了

老师,我是通过vmd看resid,知道每个组分分别对应哪个残基到哪个残基,然后进行分配组的。而且如果两个组有相同的原子的话,那gromacs也会报错呀

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发表于 Post on 2026-7-16 03:28:56 | 只看该作者 Only view this author
lts! 发表于 2026-7-15 21:13
老师,我是通过vmd看resid,知道每个组分分别对应哪个残基到哪个残基,然后进行分配组的。而且如果两个组 ...

gromacs不会因为那个报错,组之间完全可以重叠
在VMD里一律用serial(从1开始计的原子序号)方式选择和显示组对应的区域,搞清楚序号对不对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-16 15:41:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-16 03:28
gromacs不会因为那个报错,组之间完全可以重叠
在VMD里一律用serial(从1开始计的原子序号)方式选择和 ...

老师,我在vmd里面用serial的方法看了索引里面的原子序列,发现两个组并没有序号重复,是我要算的两个组。然后老师我的相互作用能是把轨迹rerun了,把mdp里面的能量组改成了我要求的两个组,如果这两个组有序号重叠,是会报错的,但是现在没有重叠却还是14相互作用不为0,太奇怪了,不会哪里bug了吧

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