集成了任务调度和文件衔接的自动化工作台，串联Multiwfn出图、氧化还原电位与反应...

tanq0571

平时做化学材料研发，从查资料、搭结构、跑计算到分析出图，往往要在不同工具和服务器之间来回切换，反复传文件、接脚本、盯进度。我们团队（深度原理 Deep Principle）针对这些问题做了Mira，一个面向化学材料研发的智能体，可以结合项目已有资料组织任务，调用科学模型、计算软件和算力节点，并把过程文件与结果持续整理到项目中。
Mira不替代CREST、xTB、GPU4PySCF、ORCA、Quantum ESPRESSO、Multiwfn、VMD等专业工具，主要负责软件调用、计算节点调度、中间文件传递、长任务跟踪和结果归档。具体计算设置、收敛情况及科学结论仍需研究人员检查。

下面是我们近期跑通的3个典型测试管线，直接贴执行流程和结果，供大家参考：

• 从分子结构到Multiwfn与VMD出图的连续流程：以377（苯乙基间苯二酚）分子为例
  

该流程从分子结构出发，依次完成CREST/GFN2-xTB构象搜索、DFT几何优化与单点计算、Molden波函数文件导出、Multiwfn轨道与ESP分析，以及VMD渲染。
波函数分析和cube文件生成基于Multiwfn，Mira主要负责提交计算节点、衔接中间文件、调用批处理脚本和整理结果。输出中保留优化结构、计算日志、Molden文件、Multiwfn数据表、cube文件、VMD图片及渲染脚本，使用者可以重新检查或自行调整绘图参数。

真实运行链接：https://mira.deepprinciple.com/s ... 80nML7aWOk2D5LaGTvI

• AQDH(1,2) 分子跨精度氧化还原电位计算
  

该流程从 AQDH(1,2) 分子的文献复现需求出发，依次完成基于 PCET 机理构建分子结构（中性/氧化态或还原态）、pH 0/7/13 条件下的 xTB 级别和DFT 级别的氧化还原电位计算。xTB 部分使用 GFN2-xTB + GBSA(water) 并结合 g-xTB 单点校正；DFT 部分包括 wb97x-d4/def2-svpd 几何优化、wb97m-v/def2-tzvpd 单点能，以及 M06-2X/6-31G* + SMD(water) 溶剂化处理，成功复现了文章结果。
氧化还原电位计算和结果对比基于 dp-yamo 相关技能，Mira 主要负责整理文献与分子信息、提交不同精度的计算任务、衔接 xTB 与 DFT 结果、提取电位数据并生成对比图和汇总报告。输出中保留计算脚本、运行日志、JSON 结果、对比图和 Markdown 报告，使用者可以检查计算设置、能量数据和电位换算过程。
真实运行链接：
https://mira.deepprinciple.com/share/sessions/TT2tkVJcXsaUTQAg0kmsMx6XTnaJG5D8J4cESa2W9YY

• Diels-Alder 反应能垒计算与 IRC 验证
  

该流程从环戊二烯和马来酸酐的反应物/产物结构出发，依次完成初始过渡态生成（ReactOT生成式模型）、DFT 过渡态几何优化、虚频检查、双向 IRC 验证、反应能垒提取，以及反应路径可视化。DFT 精修使用 B3LYP/def2-SVP，过渡态优化和 IRC 计算基于 pysisyphus，并通过云端进行GPU加速。

过渡态生成与优化、IRC 验证和可视化文件生成基于 ReactNet/chem-visualization 相关技能，Mira 主要负责调度计算任务、衔接 TS 预测与 DFT 精修结果、整理正逆向 IRC 轨迹并汇总能垒数据。输出中保留初始 TS 结构、优化后的 TS 结构、Hessian 文件、IRC 轨迹、PySCF相关输出、能垒数据、反应能垒图、IRC 动画和交互式 HTML 查看器，使用者可以检查过渡态结构、虚频、IRC 连接关系和能垒数据。
真实运行链接：
https://mira.deepprinciple.com/share/sessions/bWh89vNNTgC7-I_MKyIpg9liGyev7sMRCQMgYXa6nWQ

以上流程均已跑通，点击对应链接可直接查看原始的输入输出文件。 这种自动化流目前还在探索共建中，若想自己跑测试，可以直接访问工具入口： 🔗 https://mira.deepprinciple.com/邀请码：CN-AN87NRD6


为方便计算化学公社的朋友试用，我们准备的专属邀请码有32000积分。希望大家有更充分的额度体验完整流程。
如果大家有更好的 TCL/批处理脚本封装思路，或者发现了自动化流程中的不足，非常欢迎跟帖指出，感激不尽！

技术介绍：https://www.deepprinciple.com/cn/technology.html


博客：https://mira.deepprinciple.com/blog/claude-science-vs-mira-ai-for-science-alternative

colaman

楼主发的图片一直打不开是什么原因

Artistypl

这个出图需要自己调试很久吗，还是直接交给Agent就行

JIAO0525

上次用mira做了一个diffdock的对接，跑了半小时用了两万三积分

tanq0571

Artistypl 发表于 2026-7-16 09:40
这个出图需要自己调试很久吗，还是直接交给Agent就行

直接叫给他就行，内置渲染模版，不满意还以按需让他调整参数，波函数分析和vmd 渲染都是支持自定义脚本的，用自然语言描述需求即可

tanq0571

JIAO0525 发表于 2026-7-16 11:11
上次用mira做了一个diffdock的对接，跑了半小时用了两万三积分

哈哈哈，我们一直在优化，现在应该不用这么多了哈，私聊我下，给您再发积分体验下哈

tanq0571

colaman 发表于 2026-7-15 18:25
楼主发的图片一直打不开是什么原因

图片格式问题，已经修复了