mcpb建带有水分子与金属配位的模型

wtuwcwt · 发表于 Post on yesterday 22:03

用MCPB建立了一个非血红素单铁酶的模型，其中铁存在一个水分子与其配位。水分子的力场参数用antechamber生成，在跑MD（最小化和加热）的时候发现水分子的两个氢原子会转向指向铁离子，且水分子的键角明显缩小，想请问有没有解决办法？谢谢各位。

student0618 · 发表于 Post on yesterday 23:26

检查拓朴成键参数 (amber mcpb 教程有说怎么检查)

检查原子电荷 (e.g. resp后的mol2)

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[Amber] mcpb建带有水分子与金属配位的模型