packmol生成体系原子堆叠问题

downpuor

各位老师我通过packmol建立的界面模型，一开始建立的有机相-水相-有机相界面，通过向水相中填充单体A/B以用于研究单体的扩散；而后缩小盒子只建立有机相-水相的界面，只放一个单体A/B并且限制位置在水相的中间以用于后续拉伸动力学，使其穿越界面到达有机相，从而进行后续的自由能计算。前者单体分子数多的时候能量最小化反而能正常运行，后者改为单独的单体时则报错(如图片显示原子堆叠严重)，是说明单体A的位置限制在水相中央是不合理的吗？如果不合理的话，我该怎么放置单体位置呢，因为要进行两个不同单体的比较，我想应该保持初始位置和终点位置的相同。我后者的inp文件为
tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
filetype pdb
output mix.pdb

structure HEX.pdb   number 400
   inside box 0. 0. 0. 50. 50. 30.
end structure

structure spc.pdb
  number  4000
   inside box 0. 0. 30. 50. 50. 70.
end structure

structure AAA.pdb
  number  1
   center
   inside box 0. 0. 30. 50. 50. 70.
end structure。

student0618

有任何报错，一率先用vmd打开模型看看有哪里重叠、有没有其他问题。