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[CP2K] 计算REPEAT电荷报错

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本帖最后由 xcgotk 于 2026-7-27 08:51 编辑

我使用cp2k在计算REPEAT电荷,晶胞的确比较大且复杂,出现报错,请教各位老师





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发表于 Post on 2026-7-26 10:48:46 | 只看该作者 Only view this author
CHARGE   48过于夸张
并且Z方向晶胞尺寸应当再加大
&GLOBAL里加入EXTENDED_FFT_LENGTHS
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-26 11:53:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-26 10:48
CHARGE   48过于夸张
并且Z方向晶胞尺寸应当再加大
&GLOBAL里加入EXTENDED_FFT_LENGTHS

已经开始计算了,十分感谢老师

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发表于 Post on 2026-7-26 20:58:30 | 只看该作者 Only view this author
xcgotk 发表于 2026-7-26 11:53
已经开始计算了,十分感谢老师

冒昧问一下哈,我看您的这个结构带了很多正电荷,计算REPEAT电荷是做什么用呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-26 21:55:30 | 只看该作者 Only view this author
yxdd98 发表于 2026-7-26 20:58
冒昧问一下哈,我看您的这个结构带了很多正电荷,计算REPEAT电荷是做什么用呢?

做gromacs,后面放其他离子平衡电荷

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-27 19:25:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-26 10:48
CHARGE   48过于夸张
并且Z方向晶胞尺寸应当再加大
&GLOBAL里加入EXTENDED_FFT_LENGTHS

还想再请教社长,我的另一个COF计算3000多原子的电荷,收敛后,在下面这一步时候内存占用持续缓慢上涨,最终爆内存,这种情况要怎么解决,内存是32*16
------------------------------------------------------------------------------
  Using sphere sampling
  Element                                    RMIN [angstrom]     RMAX [angstrom]
  C                                                  1.70000             3.40000
  N                                                  1.55000             3.10000
  O                                                  1.52000             3.04000
  F                                                  1.47000             2.94000
  H                                                  1.09000             2.18000
  ------------------------------------------------------------------------------
  Width of Gaussian charge distribution [angstrom^-2]:                  11.24900

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发表于 Post on 2026-7-28 08:50:26 | 只看该作者 Only view this author
xcgotk 发表于 2026-7-27 19:25
还想再请教社长,我的另一个COF计算3000多原子的电荷,收敛后,在下面这一步时候内存占用持续缓慢上涨, ...

先用小体系测试,看看耗内存情况和原子数的关系,并估计这么多原子得用多少内存
也可以试试减少MPI并行进程数,可能能明显节约内存
并且某些情况下可以尝试减小真空区,拟合点数目明显减少后可能能节约很多内存
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-29 08:48:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-28 08:50
先用小体系测试,看看耗内存情况和原子数的关系,并估计这么多原子得用多少内存
也可以试试减少MPI并行 ...

感谢社长,成功了已经

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