关于动力学模拟时配体空间移位的求助

Lkkkkk · 发表于 Post on 2026-7-28 18:48:45

各位老师大家好：
我想请教大家一个问题：蛋白和小分子配体体系的100ns分子动力学模拟，我在分析时蛋白主链和蛋白-配体复合物的RMSD收敛且稳定的值比较理想，配体的RMSD虽然也收敛了但值比较大，3D自由能形貌图的效果也比较好，后来我用VMD查看轨迹发现，模拟时配体发生了空间移位，自发找到了一个更好的结合位置，我起初以为是用刚性对接的结果导致的，但后面我选用柔性和半柔性的对接时还是会出现类似的问题，我希望各位老师能指出一个解决问题的方向
对接软件用的是AutoDock Vina

student0618 · 发表于 Post on 2026-7-28 19:05:55

这很正常没什么问题，尤其是楼主用不同初始结构都跑出这结果。

其中可能原因有就算是柔性对接它骨架也可能固定或有限制，或是因为docking没水而水对这配体结合有一定贡献。

可以试试Co-folding如AlphaFold 3，不过AF3 也有其限制未必会对结果有改进。

除非楼主说的是本来是实验结构跑掉了，这就要看看实验结构结合位点附近有没有被忽略的因素，如金属离子。

Lkkkkk · 发表于 Post on 2026-7-31 14:41:47

student0618 发表于 2026-7-28 19:05
这很正常没什么问题，尤其是楼主用不同初始结构都跑出这结果。

其中可能原因有就算是柔性对接它骨架也可 ...

感谢老师，我的确是忽略了金属离子

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