Amber/TIP3P 中用单中心 NH4⁺模型计算MMPBSA结合能是否合适？

王涛

我的目的是计算多肽与 NH4⁺的结合能
当前 NH4⁺拓扑中只有一个粒子，为单中心 NH4⁺模型：
Residue name: NH4
Atom name: N
Mass: 18.04
Total charge: +1
Amber atom type: NH4+
也就是说，整个 NH4⁺被表示为一个质量为 18.04、带 +1 电荷的 Lennard–Jones 球形粒子，没有显式的四个 H 原子。
我想请教的问题是
计算MMPBSA结合能时，使用单中心 NH4⁺模型与使用显式多原子 NH4⁺模型哪个更合理？或者说没有影响

student0618

先看看mmpbsa是否支持这力场

不同力场优化好作MMPBSA的pb radii都不同

正常Amber 全原子力场用leap处理会自动补氢的

王涛

student0618 发表于 2026-7-29 22:37
先看看mmpbsa是否支持这力场

不同力场优化好作MMPBSA的pb radii都不同

AMBER报错“Periodic box dimensions have changed too much”如何解决？
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)
老师，我铵根的力场参数是直接调用Sorce leaprc.water.tip3p的NH4 参数，是因为这个原因我的铵根才没有补全氢吗？