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[GROMACS] 伞形采样模拟中油从水拉到界面后逸散到真空层的问题

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各位老师,我使用伞形采样研究油从水拉到气液界面的PMF。1.油从水拉到气液界面后,油一下就逸散到真空层了。2.当我通过拉伸速率和模拟时间,控制我的油恰好拉到界面后,开始提取窗口构型,这个一般怎么设置更合理了,每个窗口一般跑多少ns合适,并且如何知道每个窗口跑的合适与否

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发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 student0618 于 2026-7-31 18:51 编辑

这要自己试,看histogram重叠够不够。

界面附近取帧可以间隔小些,pull 时慢点力常数也可以改。

不同体系需要跑多久、多少个窗口都不同,真的要自己trial and error,先跑几个短的不够再加窗口。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-7-31 17:22
这要自己试,看histogram重叠够不够。

界面附近取帧可以间隔小些,pull 时慢点力常数也可以改。

好的,我试试

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