伞形采样模拟中油从水拉到界面后逸散到真空层的问题

古与春分 · 发表于 Post on 2026-7-31 16:51:09

各位老师，我使用伞形采样研究油从水拉到气液界面的PMF。1.油从水拉到气液界面后，油一下就逸散到真空层了。2.当我通过拉伸速率和模拟时间，控制我的油恰好拉到界面后，开始提取窗口构型，这个一般怎么设置更合理了，每个窗口一般跑多少ns合适，并且如何知道每个窗口跑的合适与否

student0618 · 发表于 Post on 2026-7-31 17:22:14

本帖最后由 student0618 于 2026-7-31 18:51 编辑

这要自己试，看histogram重叠够不够。

界面附近取帧可以间隔小些，pull 时慢点力常数也可以改。

不同体系需要跑多久、多少个窗口都不同，真的要自己trial and error，先跑几个短的不够再加窗口。

古与春分 · 发表于 Post on 2026-8-1 14:47:00

student0618 发表于 2026-7-31 17:22
这要自己试，看histogram重叠够不够。

界面附近取帧可以间隔小些，pull 时慢点力常数也可以改。

好的，我试试

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 伞形采样模拟中油从水拉到界面后逸散到真空层的问题

浏览过的版块