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[Molclus] 对一个甲基保护的葡萄糖苷使用molclus进行构象搜索时,发现船式构象更占优势

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我用molclus对甲基葡萄糖苷进行构象搜索,过程参照 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 中对瑞德西韦的流程,发现最后gaussian进行dft计算时的最优6个构象,全是船式的。
随后我又重新跑了一遍整个流程,用gaussian得到的6个构象中,最优的是椅式构象的,其余几个都是船式的,并且这个椅式构象的能量远远低于其他的船式构象,请问这是为什么呢,在椅式构象能量远低于船式的情况下,经过gfn0与gfn2优化后,第一遍能量最低的前六个全都是船式,第二遍只有1个椅式?
附图是最后的gaussian跑的结果

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2#
发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
这么小体系,没必要用GFN0-xTB那么糙的方法
如果是指GFN2-xTB给出的能量顺序明显不合理,就甭用此方法。可以尝试GFN-FF,或者始终用DFT
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-8-1 21:02
这么小体系,没必要用GFN0-xTB那么糙的方法
如果是指GFN2-xTB给出的能量顺序明显不合理,就甭用此方法。可 ...

好的老师,我用了gfnff后发下能量排序确实合理了,前面的构象基本全都是椅式构象,谢谢老师

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