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[新手求助] Gaussian对胭脂红(C 22 H 20 O 13)进行结构优化和频率分析报错,排除部分错误仍然存疑

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本帖最后由 我是路飞 于 2026-8-6 00:48 编辑

    各位老师好,我在用Gaussian对胭脂红(C 22 H 20 O 13)进行结构优化和频率分析时报错,希望各位能够帮忙解答困惑,十分感谢,具体情况如下:
    一开始因为本人研究的体系涉及弱相互作用,加之为共轭体系,故而直接选用wb97xd/6-31+g(d) 进行计算,出现第一次报错。阅读http://sobereva.com/164后决定先换个方法并且采用稍小一些的基组进行优化,故而采用b3lyp/6-31g进行计算,此时出现了第二次报错。两次计算的输入和输出文件均附在文尾。
    目前基本排除的问题:
1.Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社中提到 360等垃圾山寨安全程序也可能是莫名报错的原因,但我电脑中也不存在这些软件,不知道是否是挂梯子会有影响哇。
2.安装以及核数等问题:计算条件,软件:Gaussian16(win64),电脑:14核 16GB内存。故而输入文件中我设置8核 10GB应该没问题。此外,已经检查文件路径没有空格等问题。
    我目前的想法及问题:
1.http://sobereva.com/164我仔细又看了一遍,尝试更换理论方法和基组时,较低的计算级别选择得必须有意义“,本人第二次计算所采用的B3LYP方法无法合理描述色散作用,故而第三次计算想选择别的方法基组进行预优化,对此处的方法基组选择,前辈们是否有相关建议?
2.同样是http://sobereva.com/164一文中提到的关于隐式溶剂的选择,我本次选择的是SMD/water,第三次计算准备采用IEFPCM/water。因为我之后还需要将胭脂红和吸附剂简化模型一起进行吸附模型的优化,以及吸附能的计算,是否可以此后全程采用IEFPCM/water?
3.此外,对于前两次任务的报错原因,我还是不太理解,希望前辈们也能为我解答一下。

附件如下,其中命名以A开始的文件为第一次计算的输入输出,B开始的文件为第二次计算。输出文件比较大,我打包压缩上传了,望各位前辈谅解。



OUTPUT.zip

586.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

A.carmine0805.gjf

3.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

B-B3LYPcarmine.gjf

3.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 10 hour ago | 只看该作者 Only view this author
1. 你这个分子似乎没有什么明显负电荷,加弥散函数意义不大反而计算量暴增。推荐计算用wb97xd/6-31g(d)
2. 应该是可以的,不过我对溶剂模型了解不多
3. 看上去像是内存爆了,你的计算每个核分配的内存2G都不到,而且都是在溶剂模型那里闪退的没有报错,大概率是因为内存不够或者溢出之类的电脑直接强行杀掉了,建议每个CPU至少有个4G左右的内存比较稳妥。

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发表于 Post on 9 hour ago | 只看该作者 Only view this author
输出文件里根本没有报错提示
用Linux版,甭拿windows版凑合
直接用6-31G*,其它什么基组都甭考虑、甭尝试,否则纯粹瞎耽误工夫
opt freq任务全程用IEFPCM甭用SMD。你这个体系没有局部显离子性,不带溶剂模型也可以接受

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 楼主 Author| 发表于 Post on 9 hour ago | 只看该作者 Only view this author
-HMDS- 发表于 2026-8-6 01:21
1. 你这个分子似乎没有什么明显负电荷,加弥散函数意义不大反而计算量暴增。推荐计算用wb97xd/6-31g(d)
2. ...

感谢老师,我准备今晚装个虚拟机用linux算,第三个问题应该能够解决

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 楼主 Author| 发表于 Post on 9 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-8-6 01:38
输出文件里根本没有报错提示
用Linux版,甭拿windows版凑合
直接用6-31G*,其它什么基组都甭考虑、甭尝试 ...

sob老师,您其他的建议我接下来都会采纳,但还想进一步问下,倘若是带溶剂模型,因为我的工作涉及吸附能,需要计算单点能,于是我选择“做优化、振动分析时总是用IEFPCM,而算单点能的时候则改用SMD。”(http://sobereva.com/327)。但是我不太确定您在文中的这句话是针对在同一个研究过程还是两个情况说的,所以我存在顾虑——审稿人是否会我质疑前后没有用同样的溶剂模型,因为隐式溶剂模型会影响势能面进而影响单点能的计算,二者关于单点能的计算结果是否差异显著到不容忽略。

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发表于 Post on 8 hour ago | 只看该作者 Only view this author
我是路飞 发表于 2026-8-6 02:17
sob老师,您其他的建议我接下来都会采纳,但还想进一步问下,倘若是带溶剂模型,因为我的工作涉及吸附能 ...

同一个研究
该怎么解释怎么解释就完了,我的博文明确说了为什么opt freq不推荐用SMD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 8 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-8-6 02:43
同一个研究
该怎么解释怎么解释就完了,我的博文明确说了为什么opt freq不推荐用SMD

好的好的,感谢老师

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