为什么会出现GROMACS模拟沥青长期老化的CED小于原样的情况？

yuluz

用GROMACS模拟沥青老化前后状态，为什么会出现长期老化后的CED小于原样的情况？

做的热氧老化，采用GROMACS软件对基质沥青与米糠油（RBO）间相互作用进行分子动力学模拟。分子动力学模拟采用GROMOS 54A7力场，模拟流程包括能量最小化、高温混合、压缩平衡、退火处理及常温平衡等步骤。首先采用最陡下降法（Steepest Descent）进行能量最小化，以消除初始模型中的原子重叠及不合理结构；随后在NVT系综下将体系升温至450K，使各组分充分扩散混合；在450 K、100bar条件下进行NPT压缩；随后在450K、1bar条件下进行平衡，并通过退火程序逐步降温至298.15K；最终在298.15K、1bar条件下进行NPT平衡计算，获得稳定构型。模拟过程中采用周期性边界条件，范德华相互作用截断半径设定为1.0 nm，长程静电作用采用Particle Mesh Ewald（PME）方法计算，积分步长设置为1fs。CED是内聚能密度。

student0618

请详细说明操作流程，如何构建模型，如何进行分析，以及缩写的全称。

sobereva

仔细阅读
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

xiaowu759

老化有多种，指的哪一种？如何模拟老化的？这些不说清楚，没人能帮到你

yuluz

做的热氧老化，采用GROMACS软件对基质沥青与米糠油（RBO）间相互作用进行分子动力学模拟，分子动力学模拟采用GROMOS 54A7力场，模拟流程包括能量最小化、高温混合、压缩平衡、退火处理及常温平衡等步骤。首先采用最陡下降法（Steepest Descent）进行能量最小化，以消除初始模型中的原子重叠及不合理结构；随后在NVT系综下将体系升温至450K，使各组分充分扩散混合；在450 K、100bar条件下进行NPT压缩；随后在450K、1bar条件下进行平衡，并通过退火程序逐步降温至298.15K；最终在298.15K、1bar条件下进行NPT平衡计算，获得稳定构型。模拟过程中采用周期性边界条件，范德华相互作用截断半径设定为1.0 nm，长程静电作用采用Particle Mesh Ewald（PME）方法计算，积分步长设置为1fs。CED是内聚能密度。

yuzc

yuluz 发表于 2026-8-7 14:19
做的热氧老化，采用GROMACS软件对基质沥青与米糠油（RBO）间相互作用进行分子动力学模拟，分子动力学模拟采 ...

答非所问，聚合物的热氧老化中，化学老化是GROMACS原生无法考虑的，需要构建氧链式反应的基元反应，再通过在gromacs引入Monte Carlo方法进行键判据。 在lammps里考虑化学老化是方便一些的。
然后聚合物的热致老化对应的是特征时间的改变，用高分子物理来讲，你要考察你这个体系是否可以制作主曲线（TTS），用WenSheng Xu等人开发的方法计算松弛时间等等。聚合物的松弛时间对应了老化相关的流变学效应。
内聚能密度降低仅仅说明你升温了，聚合物链间更容易被拉开。流变性能提升。退火到室温仍然CED下降，说明你的辅料存在增塑效果。
另外，是否真正松弛，我是很怀疑的。你要参考软物质仿真领域领域里比较公认的退化流程：21-Step method， 在polymatic发表论文的SI里有写lammps版本的，你把这个流程翻译成gromacs的写法就好。