[AMBER] Maximum coordination exceeded 解决方法（已解决））

lin-li

问题已解决，仅发帖供遇到同样问题的人参考。先说重点，注意检查连接关系（树结构的拓扑类型），尤其当你使用prepi格式时。


在处理蛋白非标残基参数（中性ARG），使用tleap生成top和crd一直报错：
Bond: Maximum coordination exceeded on .R<ARN 45>.A<HH22 21>
      -- setting atoms pert=true overrides default limits
ATOMS NOT BONDED: .R<ARN 45>.A<NH2 19> .R<ARN 45>.A<HH22 21>
!FATAL ERROR----------------------------------------
!FATAL:    In file [.../feedstock_root/build_artifacts/ambertools_1661778975619/work/AmberTools/src/leap/src/leap/atom.c], line 441
!FATAL:    Message: bondAtomProblem found
!
!ABORTING.

查看amber论坛有人问同样的问题，但并没有明确的解决方案，尝试添加bond也无济于事。最终发现是原子“树”结构的拓扑类型指认有误。如有同样问题，可进行尝试。


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student0618

第二张图片没内容