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[Multiwfn使用咨询] Multiwfn 已有 ICSS-ZZ cube 文件,如何调整分子朝向、统一坐标轴区间且从零开始问题

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本帖最后由 zxcvbnm0701 于 2026-8-9 21:00 编辑

各位老师好:
我参照博文《通过 Multiwfn 绘制等化学屏蔽表面 (ICSS) 研究芳香性》(http://sobereva.com/216)完成计算,已经得到 ICSS‑ZZ 的 cube 格点文件。
软件版本:Multiwfn 2026.6.2。
分子为单环共轭体系,整体几何为平面结构,优化完成后整个环平面与笛卡尔 XY 平面平行。现在绘制 XY、YZ 切面二维填色等值线图。
我希望达到的要求是:不希望重新做 ICSS 格点计算,希望基于现有 cube 文件处理,有 3 个疑问:

  • 图像朝向问题
    原始 cube 场数据本身没问题,绘制 XY 切面图时,环上杂原子落在坐标轴负方向一侧,论文插图需要杂原子出现在正方向一侧。
    我尝试绘图菜单里‑1 Set translation and rotation of the map做 180° 旋转,发现该功能仅对 4/5/8 自定义拟合平面生效,我通过选项 8 拟合全部环原子,可以构造出几何等价于 XY 的自定义平面,此时旋转功能生效,但需要不断调试角度,可以得到处理后的 XY 切面;但对于 YZ 方向,很难构造出等价的自定义平面来完成朝向调整。
    想问:在不重新计算、不重新生成 cube 文件的前提下,Multiwfn 绘图模块内部能否在选择切面的步骤之前直接解决该分子朝向问题?
  • 多分子坐标轴区间统一
    做多分子对比,不同分子的 XY 切面图,希望纵坐标显示区间完全统一,保证多图视觉尺度可比。请问 Multiwfn 内置绘图模块是否支持强制固定 X/Y 轴显示范围?
  • 坐标轴从 0 起始
    当前绘图坐标轴为正负对称(例如‑10 ~ 10 Bohr),我希望横、纵坐标都从 0 开始,不用正负双向。Multiwfn 平面绘图模块是否支持自定义非对称坐标轴起止?

如果 Multiwfn 内置绘图无法实现上述全部需求,可行方案是否只有两种:一是导出 plane.txt 格点数据,使用 Gnuplot/Origin 第三方软件后处理绘图;二是重新调整 gjf 分子几何、完整重算 ICSS 得到新 cube 文件?
谢谢各位老师!


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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn主功能4定义平面的界面里可以选择自己输入坐标原点和两个平移矢量,恰当定义就完了。并且也可以考虑ps
坐标轴从几开始没有读者或审稿人会关心,只会关心图片呈现的内容。你让Multiwfn不显示坐标轴上的文字和刻度都没关系(只显示原子标签位置就够了)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-8-9 21:48
Multiwfn主功能4定义平面的界面里可以选择自己输入坐标原点和两个平移矢量,恰当定义就完了。并且也可以考 ...

好的,感谢老师,我补充一点疑问,导师要求 希望多分子对比的 ICSS-ZZ XY 二维填色平面图,空间坐标轴的纵坐标尽量取相同区间,对比更直观,multiwfn 有解决办法吗,有没有哪个功能可以改横纵坐标区间范围。

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
zxcvbnm0701 发表于 2026-8-10 13:38
好的,感谢老师,我补充一点疑问,导师要求 希望多分子对比的 ICSS-ZZ XY 二维填色平面图,空间坐标轴的 ...

前面说了,Multiwfn里直接设原点、平移矢量、格点数,则作图平面完全由你自己控制
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-8-10 18:15
前面说了,Multiwfn里直接设原点、平移矢量、格点数,则作图平面完全由你自己控制

好的,谢谢老师!

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