求助表面羟基化的Al2O3位置限制后最小化不收敛

sj12138

各位老师好，我使用sobtop生成了表面羟基化的Al2O3的itp，并限制了除表面H外的其他原子的位置随后gmx grompp -f em.mdp -c sys2.gro -o em.tpr -p topol.top -r sys2.gro -maxwarn 1随后mdrun之后一直无法收敛，输出如下。我想请教一下这是什么原因导致的？


Double precision normally gives you higher accuracy, but this is often not
needed for preparing to run molecular dynamics.
You might need to increase your constraint accuracy, or turn
off constraints altogether (set constraints = none in mdp file)

writing lowest energy coordinates.

Back Off! I just backed up em.gro to ./#em.gro.1#

Steepest Descents converged to machine precision in 107 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.


我在进行位置限制之前将除表面H外的其他原子冻结（除冻结和位置限制外其他设置和文件均相同），运行没有任何问题，但是固体表面和水分子之间有一个真空层如下图，这个跟结构尺寸有关系吗？另外跑了400ns还没见到结冰的现象是因为时间太短了吗?

sobereva

你用的sobtop产生的拓扑文件怎么可能#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"，sobtop产生的拓扑文件完全不兼容OPLS-AA的规则
很可能还有其它硬伤，但起码先把这个解决了再说