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[GROMACS] 含有ZIF-8颗粒的膜的平衡动力学部分的膜压合问题

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我是想做一个添加ZIF-8颗粒(C240 H312 N120 Zn24的SOD笼式中性有限纳米结构)的TFN纳滤膜来测试膜结构的水通量和截留率,目前卡在了膜结构的平衡动力学部分,我把32条交联度79%的聚酰胺PA链结合在了一起,形成了一个PA层。然后如图所示,搭建了一个由上下两个PA层夹杂中间的ZIF-8结构,想通过用各向异性的方法,xy方向常压,Z方向高压来将膜进行压合。但是目前出现的问题就是PA层可以正常压合,当里面添加ZIF-8颗粒之后,在10ns、100bar的高压都不能将膜压实。而且通过对BOX-Z分析,在4ns左右盒子的Z尺寸已基本稳定,所以我考虑会不会不是压力的问题,而是ZIF-8结构的原因?这种情况应该怎么解决呢?恳请老师们多多指点。

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ZIF-8的itp具体参数设置

ZIF-8的itp具体参数设置

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ZIF-8结构

ZIF-8结构

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高压npt

高压npt

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膜的初始结构.gro

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发表于 Post on halfhour ago | 只看该作者 Only view this author
控压达不到目的就尝试用deform设置强行让z尺寸逐渐变小来实现。前提是拓扑文件没硬伤
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