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[GROMACS] 请教各位老师,COF分层的问题,以及坐标平移问题

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问题1:我在跑COFs吸附小分子的问题,我放了10层COF(因为还有另一组复合COF,考虑比例问题,放10层比较合适),结束之后COF明显分为了3层,如图,这是为什么,应该怎么解决呢
问题2:由于出现了上下跨盒子的情况,我使用gmx trjconv -f eq.xtc -s eq.tpr -o eq1.xtc -trans 0 0 1命令处理,但是轨迹文件没有任何变化,想请教老师们要如何处理



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