详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换

Uus/pMeC6H4-/キ

OpenBabel可以把带*号标记连接点的SMILES字符串转换成带*号原子的xyz文件，如C(*)*对应于

1. 5
   
2. 
   
3. C          1.01196        0.08344       -0.04608
   
4. *          0.75682        0.08590       -0.76817
   
5. *          1.77780        0.08344       -0.04595
   
6. H          0.64206       -0.82410        0.47374
   
7. H          0.64206        0.98740        0.47992

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当然它不符合http://sobereva.com/477提到的用元素名标记原子的惯例，试图载入multiwfn会有提示

1. Warning: Found unknown element "* ", assume it is carbon

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然而实际识别的结构在*坐标处并不是碳原子而是镁原子，与上述提示不符。

不过考虑到当成碳原子会与原有的碳原子混淆而损失信息，我觉得更合适的行为应该像molden和wfn文件那样，遇到无法辨认的元素名当成鬼原子处理并用Bq标记。

Uus/pMeC6H4-/キ

在fileIO.f90的subroutine readORCAinp中，定位ORCA输入文件几何结构是用的下述语句

1. call loclabel(10,"* xyz ",ifound)

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然而实际上此处的星号和xyz之间可能有也可能没有空格（不只是不同用户的习惯如这个例子，连ORCA官方的手册示例也在有空格与无空格这方面并不统一），如果载入的输入文件写成*xyz则无法识别原子坐标。

此外，考虑到ORCA开发者就输出molden和json的表态，以及最近http://sobereva.com/758介绍的multiwfn新增读取TDDFT计算后json文件里组态系数的功能，可以期待一下multiwfn未来支持读取/转换json文件里原子坐标、基函数与分子轨道信息么？

sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-8 15:39
在fileIO.f90的subroutine readORCAinp中，定位ORCA输入文件几何结构是用的下述语句然而实际上此处的星号和 ...

我加个识别没有空格的case
我不打算在非必要的情况下从json里读，毕竟还得多涉及一个文件，给用户带来麻烦

Uus/pMeC6H4-/キ

CP2K有个接口可以输出一种叫TREXIO的平文波函数文件，简介见https://manual.cp2k.org/trunk/te ... al-chemistry-format；如果toolchain里用--with-trexio选项安装了TREXIO库，可以用关键词字段&FORCE_EVAL/&DFT/&PRINT/&TREXIO输出，从https://trex-coe.github.io/trexio/trex.html的文档来看定义还挺不错。如果multiwfn能支持读取这种文件的波函数信息的话，或许能比之前用molden更方便……？

sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-1-8 00:35
CP2K有个接口可以输出一种叫TREXIO的平文波函数文件，简介见https://manual.cp2k.org/trunk/technologies/l ...

我无意支持
PS：mwfn格式是最理想的记录波函数信息的格式
https://chemrxiv.org/engage/chem ... 74c468933e3ac5b49aa
http://bbs.keinsci.com/thread-54080-1-1.html