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本帖最后由 moiraaa 于 2026-8-24 21:27 编辑
各位老师好,我在用SobEDA做能量分解,然后拜读社长的博文http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html,用论文Tian Lu, Qinxue Chen, Simple, Efficient, and Universal Energy Decomposition Analysis Method Based on Dispersion-Corrected Density Functional Theory, J. Phys. Chem. A, 127, 7023 (2023) https://doi.org/10.1021/acs.jpca.3c04374里的这个公式
ΔGbind=ΔEint+ΔEdef+ΔEsolv+ΔΔGcorr计算溶剂里面的结合能,我选择的溶剂是水,两个分子是CCTS和MB。其中左侧是溶剂中的结合自由能我又根据社长谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元博文下”讲究的人的“的做法做了一遍,得到的结果是+12.44kcal/mol,而右侧则计算出来是-208.27kcal/mol,其中用SobEDA分解得到如下结果:
Total interaction energy: -236.03 kcal/mol
Physical components of interaction energy derived by sobEDA:
Electrostatic (E_els): -134.90 kcal/mol
Exchange (E_x): -113.42 kcal/mol
Pauli repulsion (E_rep): 397.67 kcal/mol
Exchange-repulsion (E_xrep = E_x + E_rep): 284.25 kcal/mol
Orbital (E_orb): -340.59 kcal/mol
DFT correlation (E_DFTc): -24.17 kcal/mol
Dispersion correction (E_dc): -20.61 kcal/mol
Coulomb correlation (E_c = E_DFTc + E_dc): -44.78 kcal/mol
Variant of sobEDA for weak interaction (sobEDAw):
Note: 91.94% DFT correlation is combined with dispersion correction to yield a SAPT-like dispersion term
Electrostatic (E_els): -134.90 kcal/mol
Exchange-repulsion (including scaled DFT correlation): 282.30 kcal/mol
Orbital (E_orb): -340.59 kcal/mol
Dispersion (E_disp): -42.83 kcal/mol
我感觉这个体系的能量已经大到离谱的程度了,我也不知道是为什么,我基本上没见过能量是-200kcal/mol的了
左边的气相自由能我是按照”讲究的人“计算得到的:结构先是从MD里面截取,在水相中优化(opt freq b3lyp/6-31g(d') scrf=(solvent=water) em=gd3bj)后再在水中算能量(M062x/def2tzvp scrf=(solvent=water) em=gd3)之后把得到的电子能量放进Shermo中得到 Sum of electronic energy and thermal correction to G: 即为气相的自由能,再加上溶解自由能(这部分左右我对过了,没有问题)就是左边的溶剂下的结合能。
右侧的气相自由能=Eint+Edef+ΔΔGcorr
Eint是从MD里面截取,在水相中优化(opt freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=water) em=gd3bj)后的结构放在SobEDA里得到的,Edef和ΔΔGcorr的公式也是如下图标黄的部分:
计算文件已经上传至网盘:通过网盘分享的文件:CCTS+MB.zip 链接: https://pan.baidu.com/s/1w-mIokxISG8kWk22vp43yQ 提取码: iwi3
计算数据表格已经上传至网盘:通过网盘分享的文件:能量分解.xlsx 链接: https://pan.baidu.com/s/1rME8YAM1BA796w94tjm_9Q 提取码: 9fe6,其中工作表CCTS+MB,工作表CCTS,工作表MB是复合物及两个单体在Shermo中的计算结果。
我现在不是很明白为什么左右差距如此的大,所以想请问各位老师,请各位老师帮忙看一下哪里出了问题,我将不甚感激!
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